PDB-4g1u: X-ray structure of the bacterial heme transporter HmuUV from Yers...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g1u

タイトル

X-ray structure of the bacterial heme transporter HmuUV from Yersinia pestis

要素

Hemin import ATP-binding protein HmuV
Hemin transport system permease protein hmuU

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / membrane transporter / Type II ABC importer / HmuT / plasma membrane / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore-dependent iron import into cell / ABC-type heme transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.008 Å

データ登録者

Woo, J.-S. / Goetz, B.A. / Zeltina, A. / Locher, K.P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: X-ray structure of the Yersinia pestis heme transporter HmuUV.
著者: Woo, J.-S. / Zeltina, A. / Goetz, B.A. / Locher, K.P.

履歴

登録	2012年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g1u.cif.gz	438.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g1u.ent.gz	365 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g1u_validation.pdf.gz	470.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g1u_full_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示
XML形式データ	4g1u_validation.xml.gz	39.4 KB	表示
CIF形式データ	4g1u_validation.cif.gz	52.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yj1-1 5w8m-d 4s2n-d 21436 5ecg-d 5pgy-d 5xmb-d 4c8s-d 5ue9-d 3zxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Hemin transport system permease protein hmuU

B: Hemin transport system permease protein hmuU

C: Hemin import ATP-binding protein HmuV

D: Hemin import ATP-binding protein HmuV

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.870, 101.230, 105.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.300, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	E
2	3	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	CHAIN A AND NOT ((RESSEQ 27:28) OR (RESSEQ 48:49) OR (RESSEQ 51) OR (RESSEQ 55))	A	0
2	1	1	CHAIN B AND NOT ((RESSEQ 27:28) OR (RESSEQ 48:49) OR (RESSEQ 51) OR (RESSEQ 55))	B	0
1	1	2	CHAIN C AND NOT ((RESSEQ 1:9))	C	0
2	1	2	CHAIN D AND NOT ((RESSEQ 1:9))	D	0
1	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 301)	C	1 - 301
2	1	3	CHAIN D AND (RESSEQ 301)	D	1 - 301

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Hemin transport system permease protein hmuU 分子量: 38356.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: hmuU, YPO0280, y0540, YP_0435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q56992
#2: タンパク質	Hemin import ATP-binding protein HmuV 分子量: 29688.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: hmuV, YPO0279, y0539, YP_0434 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q56993, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.83 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月26日

放射

モノクロメーター: double-crystal fixed-exit / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 177675 / R_merge(I) obs: 0.111 / D res high: 3.48 Å / Num. obs: 52844 / % possible obs: 97.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
15.58	29.77	527	85.4	1	0.054
11.02	15.58	1094	99.6	1	0.058
8.99	11.02	1423	99.9	1	0.054
7.79	8.99	1681	98.6	1	0.061
6.97	7.79	1926	99.1	1	0.073
6.36	6.97	2100	99.2	1	0.094
5.89	6.36	2274	99	1	0.125
5.51	5.89	2483	99.4	1	0.128
5.19	5.51	2696	99.7	1	0.131
4.93	5.19	2735	99.1	1	0.123
4.7	4.93	2942	99.5	1	0.133
4.5	4.7	3043	99.5	1	0.166
4.32	4.5	3218	99.4	1	0.208
4.16	4.32	3319	98.5	1	0.277
4.02	4.16	3357	98.2	1	0.375
3.89	4.02	3514	98.8	1	0.539
3.78	3.89	3627	98.7	1	0.629
3.67	3.78	3815	99.2	1	0.872
3.57	3.67	3923	99.3	1	1.118
3.48	3.57	3147	78.6	1	1.683

反射

解像度: 2.99→30 Å / Num. all: 42831 / Num. obs: 42310 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 93.481 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.99-3.07		1.842	1.28	10694	3155	2801	1.297	88.8
3.07-3.16		1.528	1.8	12921	3073	3066	1.027	99.8
3.16-3.25		0.991	2.67	12476	2986	2984	0.643	99.9
3.25-3.35		0.786	3.39	11989	2891	2887	0.528	99.9
3.35-3.46		0.583	4.56	11511	2797	2793	0.355	99.9
3.46-3.58		0.448	5.86	11212	2755	2747	0.267	99.7
3.58-3.71		0.358	7.27	10336	2612	2605	0.2	99.7
3.71-3.87		0.286	9	9730	2520	2511	0.149	99.6
3.87-4.04		0.245	9.95	8784	2451	2444	0.125	99.7
4.04-4.23		0.157	12.67	9134	2303	2299	0.097	99.8
4.23-4.46		0.115	14.81	8164	2216	2205	0.076	99.5
4.46-4.73		0.076	18.13	8443	2099	2092	0.062	99.7
4.73-5.06		0.059	20.57	8156	1987	1984	0.056	99.8
5.06-5.47		0.055	20.66	7381	1816	1808	0.057	99.6
5.47-5.99		0.055	21.36	6786	1701	1695	0.06	99.6
5.99-6.7		0.043	23.46	5846	1539	1530	0.053	99.4
6.7-7.73		0.03	27.27	4791	1357	1349	0.044	99.4
7.73-9.47		0.02	32.99	4316	1154	1151	0.033	99.7
9.47-13.39		0.017	36.08	3644	907	903	0.031	99.6
	13.39	0.017	35.94	1796	512	456	0.031	89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.008→29.773 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7159 / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2948	1970	5.28 %	Random
R_work	0.2633	-	-	-
obs	0.2649	37314	88.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.276 Å² / k_sol: 0.263 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 233.07 Å² / B_iso mean: 106.6622 Å² / B_iso min: 50.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1078 Å²	-0 Å²	9.5691 Å²
2-	-	5.6941 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.8018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.008→29.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8489	0	10	0	8499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	11793
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.026	3107

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	2	B	2144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
2	1	C	2019	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	2	D	2019	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
3	1	C	5	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
3	2	D	5	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0077-3.0829	0.3896	23	0.417	342	365	12
3.0829-3.1661	0.5	58	0.4063	1109	1167	39
3.1661-3.2592	0.4082	137	0.3966	2566	2703	90
3.2592-3.3643	0.3556	162	0.3644	2809	2971	100
3.3643-3.4843	0.3909	180	0.3294	2838	3018	100
3.4843-3.6236	0.3326	153	0.3058	2812	2965	100
3.6236-3.7882	0.3558	150	0.2883	2845	2995	100
3.7882-3.9875	0.2599	151	0.2727	2842	2993	100
3.9875-4.2367	0.2632	156	0.2587	2845	3001	100
4.2367-4.5627	0.2571	157	0.2294	2852	3009	100
4.5627-5.0199	0.3206	169	0.2132	2850	3019	100
5.0199-5.7418	0.3103	148	0.242	2850	2998	100
5.7418-7.217	0.2847	152	0.2437	2880	3032	99
7.217-29.7745	0.2233	174	0.2242	2904	3078	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8382	-0.0206	0.1106	6.0861	-1.4922	2.6698	-0.0166	0.3368	0.1307	-0.7214	-0.1727	0.6437	0.305	0.1551	0.1658	0.6484	0.0168	0.1453	0.9575	-0.2218	0.4354	-23.5756	-1.2031	9.0104
2	2.7506	0.3696	0.7922	2.2915	0.1621	4.3669	0.0075	0.4443	0.2304	-0.6269	-0.2377	0.5067	-0.1004	-0.6385	0.1537	1.25	0.0588	-0.76	0.6979	0.0374	1.328	-31.9619	27.7976	24.7336
3	0.923	-0.4241	0.2203	2.4383	0.031	0.8523	0.0437	0.1206	-0.0082	-0.1154	0.1024	-0.1399	0.1388	0.1453	-0.1283	1.0738	-0.247	-0.8625	0.0473	-0.0686	1.3849	-0.4206	21.3849	52.0282
4	4.0489	1.6813	0.1779	1.8394	1.296	3.6312	0.0376	0.6036	0.2809	-0.1385	0.427	-0.4453	0.0135	0.6207	-0.3923	0.8318	0.1075	-0.3468	0.6564	0.0231	1.1585	14.1293	0.4228	27.3246
5	2.0001	2	2	2.0001	2	2.0001	0.5475	5.2439	7.4889	9.8913	-0.1869	5.5058	1.8511	9.0303	-0.3622	0.7531	0.1376	-0.0386	0.6393	0.0963	0.759	-5.4769	7.6416	48.6972
6	2	2	2	2	2	2	0.6531	3.2238	8.3231	5.8875	-0.2117	1.4965	2.8081	6.3052	-0.4415	1.6331	0.1138	0.1352	1.6003	0.1571	1.7002	11.5892	14.2085	25.4946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:326 )	A	4 - 326
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 4:326 )	B	4 - 326
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 5:266 )	C	5 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND RESID 10:266 )	D	10 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 301:301 )	C	301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 301:301 )	D	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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