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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g1q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) in complex with Rilpivirine (TMC278, Edurant), a non-nucleoside rt-inhibiting drug | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / P51/P66 / HETERO DIMER / NNRTI / NONNUCLEOSIDE INHIBITOR / AIDS / HIV / R278474 / DIARYLPYRIMIDINE / DAPY / DNA RECOMBINATION / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Bauman, J.D. / Patel, D. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2013 タイトル: Snapshot of the equilibrium dynamics of a drug bound to HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Kuroda, D.G. / Bauman, J.D. / Challa, J.R. / Patel, D. / Troxler, T. / Das, K. / Arnold, E. / Hochstrasser, R.M. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: High-resolution structures of HIV-1 reverse transcriptase/TMC278 complexes: strategic flexibility explains potency against resistance mutations. 著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: HIV-1 reverse transcriptase complex with DNA and nevirapine reveals non-nucleoside inhibition mechanism. 著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Arnold, E. #3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008 タイトル: Crystal engineering of HIV-1 reverse transcriptase for structure-based drug design. 著者: Bauman, J.D. / Das, K. / Ho, W.C. / Baweja, M. / Himmel, D.M. / Clark, A.D. / Oren, D.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Shatkin, A.J. / Arnold, E. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal structures of clinically relevant Lys103Asn/Tyr181Cys double mutant HIV-1 reverse transcriptase in complexes with ATP and non-nucleoside inhibitor HBY 097. 著者: Das, K. / Sarafianos, S.G. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Roles of conformational and positional adaptability in structure-based design of TMC125-R165335 (etravirine) and related non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors that are highly ...タイトル: Roles of conformational and positional adaptability in structure-based design of TMC125-R165335 (etravirine) and related non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors that are highly potent and effective against wild-type and drug-resistant HIV-1 variants. 著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. ...著者: Das, K. / Clark, A.D. / Lewi, P.J. / Heeres, J. / De Jonge, M.R. / Koymans, L.M. / Vinkers, H.M. / Daeyaert, F. / Ludovici, D.W. / Kukla, M.J. / De Corte, B. / Kavash, R.W. / Ho, C.Y. / Ye, H. / Lichtenstein, M.A. / Andries, K. / Pauwels, R. / De Bethune, M.P. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Hughes, S.H. / Janssen, P.A. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g1q.cif.gz | 623.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g1q.ent.gz | 521 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4g1q_validation.pdf.gz | 775.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4g1q_full_validation.pdf.gz | 790.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4g1q_validation.xml.gz | 44.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4g1q_validation.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2zd1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66, UNP residues 600-1154 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 ISOLATE / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT52A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: P51, UNP residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 ISOLATE / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PRT52A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H |
-非ポリマー , 5種, 837分子
#3: 化合物 | ChemComp-T27 / | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MGCL2,IMIDAZOLE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 193097 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.797 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 9311 / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZD1 解像度: 1.51→35.853 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.966 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→35.853 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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