[日本語] English
万見
- PDB-4g14: Crystal structure of samarosporin I at 293K -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g14
タイトルCrystal structure of samarosporin I at 293K
要素SAMAROSPORIN I
キーワードANTIBIOTIC / peptaibol / 3(10)-alpha Helix / antibiotic peptide / membrane / extracellular
機能・相同性SAMAROSPORIN I / :
機能・相同性情報
生物種samarospora rostrup (unknown)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Gessmann, R. / Axford, D. / Petratos, K.
引用ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of samarosporin I at atomic resolution.
著者: Gessmann, R. / Axford, D. / Evans, G. / Bruckner, H. / Petratos, K.
履歴
登録2012年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SAMAROSPORIN I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5581
ポリマ－1,5581
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.280, 9.170, 25.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AS PER AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS MULTIMERIC OF UNKNOWN STOICHIOMETRY

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド SAMAROSPORIN I / EMERIMICIN IV / STILBELLIN I


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1557.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) samarospora rostrup (unknown) / 株: F-7762 / 参照: NOR: NOR00986, SAMAROSPORIN I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SAMAROSPORIN I/EMERIMICIN IV IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPT FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL ...SAMAROSPORIN I/EMERIMICIN IV IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPT FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, SAMAROSPORIN I/EMERIMICIN IV IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: methanol/water, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月3日
放射モノクロメーター: ACCEL FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→22.59 Å / Num. all: 4194 / Num. obs: 4194 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 1.09→1.12 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G13

4g13


解像度: 1.09→22.59 Å / Num. parameters: 1022 / Num. restraintsaints: 1001 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 206 5 %random
Rwork0.12 ---
obs0.123 4194 99.2 %-
all-4194 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 112 / Occupancy sum non hydrogen: 114
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→22.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数112 0 0 2 114

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る