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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g12
タイトルCrystal structure of putative TetR family transcriptional regulator, Fad35R, from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable transcriptional regulatory protein (Probably TETR-FAMILY)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OHM fold / Fatty Acid Binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion of host immune response / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...HTH-type transcriptional repressor KstR2, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR-family transcriptional regulator / Probable transcriptional regulatory protein (Probably TetR-family)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Singh, A.K. / Manjasetty, B.A. / Singh, V. / Mittal, M. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of putative TetR family transcriptional regulator, Fad35R, from Mycobacterium tuberculosis
著者: Singh, A.K. / Manjasetty, B.A. / Singh, V. / Mittal, M. / Kumaran, S.
履歴
登録2012年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Other
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TETR-FAMILY)
B: Probable transcriptional regulatory protein (Probably TETR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0674
ポリマ－46,8832
非ポリマー1842
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.836, 83.211, 95.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulatory protein (Probably TETR-FAMILY) / Fad35R


分子量: 23441.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Ra / 遺伝子: Rv2506 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06169, UniProt: A5U5K3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M tri-Sodium citrate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(v/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97755 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Chanel cut Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→50 Å / Num. obs: 15712 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 64.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.44→3.5 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 782 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SHELXSuite (CCP4)モデル構築
REFMAC5.6.0116精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXSuite (CCP4)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.44→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 54.458 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25596 944 11.1 %RANDOM
Rwork0.20759 ---
all0.21301 ---
obs0.21301 7538 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.44→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2851 0 12 0 2863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8621.9793928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81734739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1015382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.76621.545123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68515443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9561538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02632
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.73334869
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.6754831
LS精密化 シェル解像度: 3.44→3.526 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 69 -
Rwork0.279 465 -
obs-782 99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12170.5001-0.46622.25680.99042.1293-0.35570.01660.0208-0.28490.45010.0337-0.02980.2969-0.09440.1341-0.01350.01930.18630.04010.137141.46438.761532.2302
21.03530.84830.25432.4325-0.89691.728-0.33550.01090.0251-0.09670.299-0.0178-0.3323-0.20760.03650.1490.0435-0.00760.1038-0.02650.123834.830431.096432.1686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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