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- PDB-4g0b: Structure of native HCT from Coffea canephora -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g0b
タイトルStructure of native HCT from Coffea canephora
要素Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / BAHD Superfamily / hydroxycinnamoyl transferase
機能・相同性rosmarinate synthase activity / : / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
機能・相同性情報
生物種Coffea canephora (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lallemand, L.A. / McCarthy, J.G. / McCarthy, A.A.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2012
タイトル: A structural basis for the biosynthesis of the major chlorogenic acids found in coffee.
著者: Lallemand, L.A. / Zubieta, C. / Lee, S.G. / Wang, Y. / Acajjaoui, S. / Timmins, J. / McSweeney, S. / Jez, J.M. / McCarthy, J.G. / McCarthy, A.A.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
B: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9647
ポリマ－96,4842
非ポリマー4805
水50428
1
A: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5304
ポリマ－48,2421
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4343
ポリマ－48,2421
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子

A: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0608
ポリマ－96,4842
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
4
B: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子

B: Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8686
ポリマ－96,4842
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3300 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.100, 116.100, 158.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 434 / Label seq-ID: 3 - 436

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycinnamoyl-CoA shikimate/quinate hydroxycinnamoyltransferase


分子量: 48241.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coffea canephora (植物) / 遺伝子: HCT / プラスミド: pProEX_HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) pLysS
参照: UniProt: A4ZKE4, shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M magnesium sulfate and 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月5日 / 詳細: KB-mirror system
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 72116 / Num. obs: 22073 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 10301 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BGH

2bgh


解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 38.688 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25004 1133 5.1 %RANDOM
Rwork0.18599 ---
obs0.1893 21010 98.73 %-
all-22073 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6547 0 25 28 6600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.9679178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30623.085295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.381151042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4751547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215205
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 465 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.22 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 81 -
Rwork0.27 1361 -
obs--99.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1503-0.2478-0.2541.3182-0.09061.1405-0.02680.1376-0.2086-0.18640.0636-0.01890.1413-0.0353-0.03680.1104-0.0034-0.01430.026-0.03390.0541-40.897-21.13922.047
21.31560.09420.31240.975-0.13840.8347-0.0275-0.09720.07010.05840.0526-0.0324-0.13380.0215-0.02510.12420.01280.01360.0173-0.00950.0093-25.37-27.22461.682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 434
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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