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万見
- PDB-6mk2: Crystal structure of Coleus blumei rosmarinic acid synthase (RAS)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mk2
タイトルCrystal structure of Coleus blumei rosmarinic acid synthase (RAS) in complex with 4-coumaroyl-(R)-3-(4-hydroxyphenyl)lactate
要素Rosmarinate synthase
キーワードTRANSFERASE / BAHD acyltransferase / hydroxycinnamoyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rosmarinate synthase / rosmarinate synthase activity
類似検索 - 分子機能
: / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JUV / Rosmarinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plectranthus scutellarioides (キンランジソ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Weng, J.K. / Levsh, O.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privatePew Charitable Trust 27345 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Other privateSearle Scholars Program 15-SSP-162 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Independent evolution of rosmarinic acid biosynthesis in two sister families under the Lamiids clade of flowering plants.
著者: Levsh, O. / Pluskal, T. / Carballo, V. / Mitchell, A.J. / Weng, J.K.
履歴
登録2018年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rosmarinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2862
ポリマ－47,9581
非ポリマー3281
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.900, 76.320, 68.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rosmarinate synthase / CbRAS / Hydroxycinnamoyl transferase / CbHCT1


分子量: 47958.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plectranthus scutellarioides (キンランジソ)
遺伝子: RAS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PDV5, rosmarinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-JUV / (2R)-3-(4-hydroxyphenyl)-2-{[(2E)-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoyl]oxy}propanoic acid / 4-coumaroyl-(R)-3-(4-hydroxyphenyl)lactate / (R)-2-[3-(4-ヒドロキシフェニル)アクリロイルオキシ]-3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸


分子量: 328.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2 microliters of 10 mg/mL protein was mixed with 1 microliter of a reservoir solution containing 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium TAPS (pH 8.5), 21% PEG 8000, and 15 mM 4-coumaroyl-(R)- ...詳細: 2 microliters of 10 mg/mL protein was mixed with 1 microliter of a reservoir solution containing 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium TAPS (pH 8.5), 21% PEG 8000, and 15 mM 4-coumaroyl-(R)-3-(4-hydroxyphenyl)lactate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→45.28 Å / Num. obs: 6696 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.35→3.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 978 / CC1/2: 0.565 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→45.277 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 34.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3286 1256 9.88 %
Rwork0.2769 --
obs0.2819 12718 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→45.277 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 24 0 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3514518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1121954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3501-3.48420.43021470.3471321X-RAY DIFFRACTION98
3.4842-3.64270.33261430.30651258X-RAY DIFFRACTION97
3.6427-3.83460.3831420.32581245X-RAY DIFFRACTION98
3.8346-4.07470.37651330.29891257X-RAY DIFFRACTION97
4.0747-4.38910.30331380.27881278X-RAY DIFFRACTION98
4.3891-4.83030.34091270.27091279X-RAY DIFFRACTION97
4.8303-5.52820.27111420.26881228X-RAY DIFFRACTION96
5.5282-6.96090.35211430.28481299X-RAY DIFFRACTION99
6.9609-45.28130.28361410.22711297X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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