PDB-4g0a: Crystallographic Analysis of Rotavirus NSP2-RNA Complex Reveals S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g0a

タイトル

Crystallographic Analysis of Rotavirus NSP2-RNA Complex Reveals Specific Recognition of 5'-GG Sequence for RTPase activity

要素

Non-structural protein 2
RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE/RNA / RNA triphosphatase / RNA binding / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding / host cell cytoplasm / HYDROLASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside diphosphate kinase activity / viral genome replication / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Simian 11 rotavirus (ウイルス)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0995 Å

データ登録者

Hu, L. / Prasad, B.V.V.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic Analysis of Rotavirus NSP2-RNA Complex Reveals Specific Recognition of 5' GG Sequence for RTPase Activity.
著者: Hu, L. / Chow, D.C. / Patton, J.T. / Palzkill, T. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2012年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月29日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g0a.cif.gz	520.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g0a.ent.gz	425.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4g0a_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g0a_full_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示
XML形式データ	4g0a_validation.xml.gz	56.9 KB	表示
CIF形式データ	4g0a_validation.cif.gz	85.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4g0jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l9v-1 6auk-1 2r7p-1 0362 2r8f-1 2r6d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Non-structural protein 2

B: Non-structural protein 2

C: Non-structural protein 2

D: Non-structural protein 2

E: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

H: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

150 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Non-structural protein 2

B: Non-structural protein 2

C: Non-structural protein 2

D: Non-structural protein 2

E: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

H: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

A: Non-structural protein 2

B: Non-structural protein 2

C: Non-structural protein 2

D: Non-structural protein 2

E: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

F: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

G: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

H: RNA (5'-R(P*GP*GP*U)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
301 kDa, 16 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.690, 107.690, 272.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Non-structural protein 2 / NSP2 / NCVP3 / Non-structural RNA-binding protein 35 / NS35 分子量: 36618.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian 11 rotavirus (ウイルス) / 株: SA11-Ramig G3-Px[x]-Ix-Rx-Cx-Mx-Ax-Nx-Tx-Ex-Hx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q03243, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PGPGPU)-3') 分子量: 951.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 70 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10-12% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.099→32.52 Å / Num. all: 107409 / Num. obs: 107465 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.099→2.14 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5308 / R_sym value: 0.594 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.0995→32.518 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2053	5360	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1737	-	-	-
obs	0.1753	107346	99.82 %	-
all	-	107465	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.848 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	11.848 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.3472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0995→32.518 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10148	196	5	1155	11504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.654	14324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.836	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0995-2.1745	0.2517	544	0.2137	10037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1745-2.2615	0.2293	555	0.1961	10069	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2615-2.3644	0.245	505	0.1951	10130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3644-2.489	0.2083	509	0.1855	10148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.489-2.6449	0.2326	547	0.1874	10129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6449-2.849	0.2325	553	0.1868	10136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.849-3.1355	0.2272	509	0.1815	10203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1355-3.5888	0.2101	522	0.1765	10294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5888-4.5195	0.1744	564	0.1506	10304	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5195-32.5215	0.1759	552	0.157	10599	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0305	-0.0235	0.0124	0.2043	0.0769	0.0739	-0.0295	0.0302	0.0181	-0.0572	-0.0498	0.0259	-0.0382	-0.0181	-0.0642	0.1249	0.0138	0.0445	-0.012	-0.0104	0.0749	-16.6926	42.1363	4.4938
2	0.0385	-0.0188	0.0035	0.0147	-0.0014	0.0046	0.0358	0.0157	0.0016	0.0023	-0.0167	0.0805	-0.0001	-0.0276	0.0049	0.1403	-0.0038	0.0192	-0.0165	0.0018	0.0794	-13.1032	30.9904	8.0744
3	0.0168	0.0133	0.0194	0.0277	0.0084	0.0417	-0.0045	0.0193	0.0145	-0.0208	0.014	-0.016	-0.0463	0.0316	0.0394	0.1174	-0.0115	-0.0328	0.0041	0.0218	0.0194	-1.376	17.7052	11.0556
4	0.019	-0.0083	0.0159	0.0571	-0.0313	0.0238	0.0203	0.0155	-0.0464	0.0357	0.0355	0.005	0.0222	0.0257	0.0505	0.0868	0.0066	0.0309	-0.0121	-0.0189	0.072	-9.3196	12.8387	13.2846
5	0.0666	-0.0295	-0.025	0.0286	0.0135	0.0291	-0.016	-0.0022	-0.0203	0.0173	0.012	0.0098	0.0219	-0.0325	-0.0264	0.1016	-0.0263	-0.0503	0.0387	0.0486	0.0222	-13.8205	5.5603	6.8663
6	0.084	0.0531	0.0484	0.054	0.0328	0.1052	-0.0057	0.0658	-0.0007	-0.0247	0.0454	0.0138	0.011	-0.0414	0.0235	0.101	-0.0732	-0.0577	0.1417	0.0137	0.0475	-17.6068	3.7491	-2.8756
7	0.0113	-0.0256	0.0239	0.0498	-0.0502	0.0503	-0.0222	0.0594	-0.0442	-0.0113	-0.0263	-0.0312	0.0243	0.0253	0.0213	0.0488	-0.0375	0.0495	0.1469	-0.0607	0.1405	-12.4311	-9.6943	-10.5878
8	0.0997	-0.0396	0.0643	0.109	-0.0504	0.1217	-0.0278	-0.1567	0.1555	0.0855	0.0275	-0.1328	-0.1794	0.0542	0.0471	0.0173	0.0318	-0.0894	-0.0787	-0.0004	-0.0288	-13.5405	64.1401	31.7824
9	0.1077	0.0346	0.0347	0.03	-0.0164	0.0701	-0.003	-0.0423	0.1706	-0.0164	-0.047	0.1062	-0.117	-0.0469	-0.0283	0.0395	0.0782	-0.0352	-0.0988	0.0057	0.0919	-35.7376	63.3054	21.2636
10	0.019	0.0284	-0.1344	0.1742	0.0905	1.5091	-0.0168	0.0699	0.2501	-0.0438	-0.007	0.1593	0.0572	-0.3027	0.0232	0.131	-0.0403	-0.0196	0.2228	-0.0046	0.3016	-47.5133	52.1648	11.3854
11	0.0173	0.0551	0.0039	0.2027	-0.0054	0.0385	-0.022	-0.0393	0.0349	0.0828	0.0129	-0.1115	0.0057	0.0296	-0.0161	0.0616	0.026	-0.0136	0.0233	-0.0429	0.1283	23.6852	38.1136	59.0774
12	0.0303	-0.0174	-0.0453	0.052	0.0654	0.1264	-0.0582	-0.0283	0.0232	0.0752	0.0102	-0.0185	0.0706	0.0079	-0.0346	0.075	0.0189	-0.0285	0.0206	-0.0704	0.1292	14.2335	45.932	59.6959
13	0.0353	-0.0042	0.0071	0.0025	0.0006	0.0033	0.0144	0.0342	-0.0026	-0.0095	0.0096	-0.0474	0.0074	0.0254	0.0058	0.0214	0.0048	-0.046	0.0676	-0.0753	0.1161	4.7433	60.4585	55.3766
14	0.0181	0.0345	0.0031	0.1297	0.0804	0.1325	-0.0356	-0.0031	-0.0135	-0.0205	-0.0058	0.0353	-0.0226	0.002	-0.0186	0.0626	-0.0067	0.0142	0.0284	-0.0982	0.1673	-0.734	57.4254	63.0505
15	0.1444	0.0707	-0.0678	0.0303	-0.0311	0.0376	0.053	-0.1443	-0.0296	0.077	-0.0587	-0.0748	-0.0434	0.0571	-0.0298	-0.0726	-0.0377	-0.1757	0.1114	-0.1162	0.0719	1.0997	63.399	75.7664
16	0.0382	-0.1058	0.0612	0.4882	-0.0798	0.2399	-0.0134	-0.0488	-0.0039	-0.0102	0.0123	0.1382	-0.0069	0.0106	0.0089	0.123	0.0148	0.0518	0.1235	-0.0599	0.1819	-15.5611	71.6064	74.2932
17	0.1613	0.0333	0.114	0.2024	-0.0298	0.1784	0.0333	0.092	-0.0098	-0.1273	0.0287	-0.0364	0.0806	0.0408	0.1224	0.0403	0.0057	-0.014	0.0177	0.0034	-0.0219	17.4287	14.2857	34.2063
18	0.1139	0.0348	-0.0426	0.0341	-0.0601	0.0908	-0.1294	-0.0359	-0.1135	0.003	-0.0371	-0.1153	0.1493	0.0684	-0.2546	0.0157	0.1481	0.0302	-0.0761	0.0385	0.0395	22.9063	5.4071	56.3348
19	0.7191	0.0224	-0.1271	0.0965	-0.0996	0.1194	0.151	-0.1478	0.0924	-0.0136	-0.108	-0.0448	0.0323	-0.0677	-0.0364	0.1446	0.007	-0.0035	0.2779	0.063	0.166	22.1224	10.0222	75.4292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:54)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 55:118)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 119:173)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 174:198)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 199:251)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 252:289)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 290:313)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 2:173)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 174:289)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 290:313)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 2:54)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 55:118)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 119:173)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 174:198)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 199:289)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resseq 290:313)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 2:173)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 174:290)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 291:313)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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