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万見
- PDB-4fyj: Crystal Structure of P. aeruginosa peptidyl-tRNA hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fyj
タイトルCrystal Structure of P. aeruginosa peptidyl-tRNA hydrolase
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / tRNA binding / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Hughes, R.C. / McFeeters, H. / McFeeters, R.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Recombinant production, crystallization and X-ray crystallographic structure determination of the peptidyl-tRNA hydrolase of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Hughes, R.C. / McFeeters, H. / Coates, L. / McFeeters, R.L.
履歴
登録2012年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5911
ポリマ－21,5911
非ポリマー00
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.619, 63.619, 155.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

HOH

21A-480-

HOH

31A-484-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21590.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pth, PA4672 / プラスミド: pKQV4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21*pLysS / 参照: UniProt: Q9HVC3, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PEG 4000 isopropanol, pH 7.5, sitting-drop vapor diffusion, temperature 100K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 11 % / Av σ(I) over netI: 57.67 / 数: 380129 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.09 / D res high: 1.77 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34542 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.815098.510.0221.23810.1
3.033.8199.710.0471.0910.7
2.643.0310010.0381.08711
2.42.6410010.041.08711.1
2.232.410010.0491.00311.2
2.12.2310010.0631.03311.2
1.992.110010.0841.08411.2
1.911.9910010.1251.08211.2
1.831.9110010.1691.111.2
1.771.8310010.2581.0811.2
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 18791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.77-1.8311.20.2581100
1.83-1.9111.20.1691100
1.91-1.9911.20.1251100
1.99-2.111.20.0841100
2.1-2.2311.20.0631100
2.23-2.411.20.0491100
2.4-2.6411.10.041100
2.64-3.03110.0381100
3.03-3.8110.70.047199.7
3.81-5010.10.022198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PTH

2pth


解像度: 1.77→31.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: mixed isotropic/anisotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 939 5 %
Rwork0.1908 --
obs0.193 18783 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.272 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.928 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.928 Å20 Å2
3----3.8561 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→31.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1463 0 0 310 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071613
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6732202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.328616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7699-1.86320.32771270.24332463X-RAY DIFFRACTION99
1.8632-1.97990.22321300.20652476X-RAY DIFFRACTION99
1.9799-2.13270.24451320.2022496X-RAY DIFFRACTION99
2.1327-2.34730.27081330.20092522X-RAY DIFFRACTION100
2.3473-2.68680.27241350.20332542X-RAY DIFFRACTION100
2.6868-3.38450.2011370.1832596X-RAY DIFFRACTION100
3.3845-31.81460.21141450.17312749X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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