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- PDB-4fxx: Structure of SF1 coiled-coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxx
タイトルStructure of SF1 coiled-coil domain
要素Splicing factor 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / splicing factor 1 / coiled-coil / pre-mRNA splicing / U2AF65-UHM binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear body organization / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / Leydig cell differentiation / male sex determination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation ...nuclear body organization / U2AF complex / regulation of steroid biosynthetic process / Leydig cell differentiation / male sex determination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / transcription corepressor activity / nuclear body / ribosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1790 / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1790 / Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / KH domain-containing BBP-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / MALONATE ION / Splicing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4801 Å
データ登録者Gupta, A. / Bauer, W.J. / Wang, W. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of Phosphorylated SF1 Bound to U2AF(65) in an Essential Splicing Factor Complex.
著者: Wang, W. / Maucuer, A. / Gupta, A. / Manceau, V. / Thickman, K.R. / Bauer, W.J. / Kennedy, S.D. / Wedekind, J.E. / Green, M.R. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 1
B: Splicing factor 1
C: Splicing factor 1
D: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,80714
ポリマ－51,0504
非ポリマー75710
水1,29772
1
A: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9343
ポリマ－12,7631
非ポリマー1712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9013
ポリマ－12,7631
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0034
ポリマ－12,7631
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9704
ポリマ－12,7631
非ポリマー2073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Splicing factor 1
B: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8346
ポリマ－25,5252
非ポリマー3094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
6
C: Splicing factor 1
ヘテロ分子

D: Splicing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9738
ポリマ－25,5252
非ポリマー4476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.030, 37.970, 144.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Splicing factor 1 / Mammalian branch point-binding protein / BBP / mBBP / Transcription factor ZFM1 / Zinc finger gene ...Mammalian branch point-binding protein / BBP / mBBP / Transcription factor ZFM1 / Zinc finger gene in MEN1 locus / Zinc finger protein 162


分子量: 12762.532 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 26-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF1, ZFM1, ZNF162 / プラスミド: pGEX-6p / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q15637
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.34 M sodium malonate pH 6.0, 0.1 M imidazole maleate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48 Å / Num. all: 18175 / Num. obs: 16211 / % possible obs: 89.19 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.08 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.5645
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.48-2.615.290.37103551959175.39
2.61-2.775.160.2699581929177.33
2.77-2.964.870.294251935182.99
2.96-3.24.680.1691151949188.46
3.2-3.514.630.1488811919196.56
3.51-3.9250.1191931838199.83
3.92-4.535.460.0987311598199.97
4.53-5.555.540.0976761385199.96
5.55-7.845.460.0859181083199.95
7.84-485.130.083158616197.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.2.19データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Web-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4801→34.966 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7967 / SU ML: 0.87 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2698 1271 7.92 %
Rwork0.2365 --
obs0.2393 16049 88.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.151 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 117.25 Å2 / Biso mean: 46.2666 Å2 / Biso min: 11.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.843 Å2-0 Å20.4129 Å2
2---6.3552 Å20 Å2
3----2.4879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4801→34.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2858 0 54 72 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.874025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2321165
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4801-2.57930.34161150.27321326144172
2.5793-2.69670.28091210.25671359148075
2.6967-2.83880.31711280.24131453158179
2.8388-3.01650.2711270.23691531165883
3.0165-3.24930.29331370.24821664180190
3.2493-3.5760.23591530.22481785193897
3.576-4.09280.24381640.215718562020100
4.0928-5.15380.25551660.207318762042100
5.1538-34.96940.29881600.27771928208899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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