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- PDB-4fxt: Crystal structure of a DUF3823 family protein (BACOVA_02663) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxt
タイトルCrystal structure of a DUF3823 family protein (BACOVA_02663) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.77 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PF12866 FAMILY / DUF3823 / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #2060 / DUF3823, N-terminal / Domain of unknown function DUF3823_C / Protein of unknown function (DUF3823) N-terminal domain / Domain of unknown function (DUF3823_C) / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BACOVA_02663) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 2.77 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
M: Uncharacterized protein
N: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,13730
ポリマ－311,14414
非ポリマー99316
水4,161231
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4114
ポリマ－22,2251
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2872
ポリマ－22,2251
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.810, 351.002, 90.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 22224.555 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 24-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: BACOVA_02663 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7LXU7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-224) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 24-224) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.200M sodium formate, 20.00% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792,0.91162,0.97901
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.911621
30.979011
反射解像度: 2.77→49.079 Å / Num. obs: 82740 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 72.896 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.91
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.77-2.870.0111.7318488246199.7
2.87-2.980.0112.3307807983199.9
2.98-3.120.0113.3330718562199.9
3.12-3.280.0114.6310838049199.8
3.28-3.490.0116.7327808484199.9
3.49-3.750.0119.8310728026199.9
3.75-4.130.01112.9322638351199.9
4.13-4.720.01118.43179382321100
4.72-5.920.01121320758298199.9
5.92-49.0790.01127.8322688509199.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 29, 2011データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.77→49.079 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9148 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 4. 1,2-ETHANEDIOL, USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 4158 5.03 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1845 82633 99.81 %-
原子変位パラメータBiso max: 198.23 Å2 / Biso mean: 74.245 Å2 / Biso min: 15.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.1189 Å20 Å211.0088 Å2
2--23.1448 Å20 Å2
3----9.0259 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.451 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→49.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20831 0 64 231 21126
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9781SINUSOIDAL12
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes590HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3060HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it21253HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2835SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23146SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d21253HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg28770HARMONIC21.23
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.89
LS精密化 シェル解像度: 2.77→2.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 317 5.28 %
Rwork0.2521 5684 -
all0.255 6001 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37280.12820.88724.0078-0.88471.41990.1107-0.4353-0.4158-0.0021-0.0857-0.16880.08080.1636-0.025-0.2757-0.0280.14460.02640.02190.01645.28531.94267.7858
21.6933-0.84960.7824.0268-1.05451.8353-0.15520.00620.0145-0.2409-0.01760.1216-0.1652-0.12410.1728-0.0048-0.0702-0.1408-0.18150.01260.042343.221971.031534.6225
31.5991-0.7135-0.39825.0380.40581.9509-0.0417-0.29890.31530.23350.08670.4261-0.0891-0.3159-0.0451-0.15490.0161-0.0997-0.1507-0.03110.078838.895896.551850.2413
41.3420.48320.34616.50680.61091.536-0.1334-0.20810.00380.74560.1397-0.3163-0.24340.0812-0.0063-0.00870.051-0.2539-0.196-0.0642-0.04954.0529122.59656.0786
51.51510.4093-0.17733.265-0.90381.7077-0.0420.1490.0405-0.26090.036-0.28490.03630.05720.00590.04190.00870.0057-0.20860.05060.030561.343347.112935.3152
61.35660.2060.31643.42931.20231.75160.2478-0.17620.14350.5411-0.04420.0026-0.0994-0.1576-0.20360.0364-0.03210.0021-0.17520.05260.014548.4098-2.684262.4932
71.68312.1164-0.5824.7024-0.74251.16270.05470.1952-0.00250.03050.0216-0.562-0.02170.1531-0.0764-0.19650.049-0.1229-0.1929-0.08160.239864.3575147.80941.5557
81.80941.4063-0.22144.9654-1.59012.96430.3135-0.2482-0.281-0.2074-0.04230.00970.70890.0253-0.2712-0.1642-0.06260.0924-0.08460.0281-0.007730.52115.683415.5928
91.86230.7890.5064.4602-0.13691.9162-0.0385-0.00440.18560.12160.0523-0.2267-0.33810.3644-0.0138-0.0693-0.0391-0.0251-0.26180.01520.125764.631820.832253.9107
102.5647-1.49230.18132.5960.41671.4236-0.0590.16480.0709-0.528-0.09570.02830.02940.01750.1547-0.0021-0.05010.0631-0.1854-0.0010.046935.223556.003579.8507
111.17560.15270.52965.57691.42422.2019-0.24660.05640.1354-0.59240.1369-0.0997-0.1001-0.25920.10970.12470.0418-0.2961-0.2837-0.0348-0.043268.277979.714279.6658
120.97370.7670.33565.143-0.9671.1710.01860.083-0.21610.6450.1175-0.0257-0.2761-0.2555-0.13610.15850.1729-0.2962-0.2971-0.0562-0.00767.0793104.8736.4832
131.8808-0.16241.20017.0467-2.48723.14680.31810.063-0.39171.1076-0.1453-0.2872-0.01520.0379-0.17280.47170.1674-0.2707-0.3364-0.0513-0.118827.3754130.93613.4525
142.9277-0.10910.32086.8006-1.96912.6950.01190.1102-0.25270.7699-0.1174-0.9860.12350.28010.10550.03340.1904-0.2345-0.3172-0.0508-0.137634.7898158.06-0.9537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6F24 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7G29 - 224
8X-RAY DIFFRACTION8H29 - 224
9X-RAY DIFFRACTION9I29 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10J28 - 224
11X-RAY DIFFRACTION11K27 - 224
12X-RAY DIFFRACTION12L29 - 224
13X-RAY DIFFRACTION13M25 - 224
14X-RAY DIFFRACTION14N29 - 224

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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