[日本語] English
万見
- PDB-4fxq: Full-length Certhrax toxin from Bacillus cereus in complex with I... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxq
タイトルFull-length Certhrax toxin from Bacillus cereus in complex with Inhibitor P6
要素Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
キーワードTOXIN / TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / mixed alpha/beta / mono-adp-ribosyltransferase / BACTERIAL TOXIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. ...Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9L / Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9599 Å
データ登録者Visschedyk, D.D. / Dimov, S. / Kimber, M.S. / Park, H.W. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Certhrax Toxin, an Anthrax-related ADP-ribosyltransferase from Bacillus cereus.
著者: Visschedyk, D. / Rochon, A. / Tempel, W. / Dimov, S. / Park, H.W. / Merrill, A.R.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
B: Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0169
ポリマ－107,1482
非ポリマー8677
水8,881493
1
A: Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0265
ポリマ－53,5741
非ポリマー4514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9904
ポリマ－53,5741
非ポリマー4163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.310, 100.290, 191.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax / Toxin Certhrax


分子量: 53574.195 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 18-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: G9241
遺伝子: Amino acids 18-471, BCE_G9241_pBC218_0027, pBC218_0027
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4MV79, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-G9L / 8-fluoro-2-(3-piperidin-1-ylpropanoyl)-1,3,4,5-tetrahydrobenzo[c][1,6]naphthyridin-6(2H)-one / 2-(3-ピペリジノプロピオニル)-8-フルオロ-1,2,3,4,5,6-ヘキサヒドロベンゾ[c][1,6]ナフチリジ(以下略)


分子量: 357.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24FN3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 2.4 M sodium malonate, 10 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9599→48.503 Å / Num. all: 84767 / Num. obs: 84731 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9599→2.03 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
AutoProcess(XDSデータ削減
BESTデータ削減
pointlessbased automatic processing script)データスケーリング
XDSデータ削減
HKL-2000データ削減
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Certhrax full-length

解像度: 1.9599→48.503 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 4236 5 %random
Rwork0.1874 ---
obs0.1894 84731 99.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.092 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4387 Å20 Å2-0 Å2
2--2.5762 Å20 Å2
3----3.015 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9599→48.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7296 0 57 493 7846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01210114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6892896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9599-2.02990.29014140.2637852X-RAY DIFFRACTION98
2.0299-2.11120.2764150.22937898X-RAY DIFFRACTION99
2.1112-2.20730.25654180.20137938X-RAY DIFFRACTION99
2.2073-2.32370.25964190.20227951X-RAY DIFFRACTION99
2.3237-2.46920.25954210.19858001X-RAY DIFFRACTION99
2.4692-2.65990.26574230.21378044X-RAY DIFFRACTION100
2.6599-2.92750.2564250.20668070X-RAY DIFFRACTION100
2.9275-3.3510.24064270.19168113X-RAY DIFFRACTION100
3.351-4.22160.18874300.16068171X-RAY DIFFRACTION100
4.2216-48.51760.19544440.16718457X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6258-0.46271.72320.47960.97855.5980.41110.3155-0.7606-0.1530.0820.16841.2301-0.1002-0.45180.440.0218-0.08040.2468-0.03330.3063-24.5638-84.430534.8401
21.6816-0.10651.98060.6534-0.17912.63620.25090.2188-0.1118-0.0412-0.0578-0.03310.39960.3357-0.15050.19190.0292-0.03620.2735-0.01810.1583-19.349-77.612638.5258
31.5484-0.99850.06891.42580.81732.8136-0.216-0.02730.5396-0.1213-0.0558-0.136-0.9631-0.92210.37530.50070.2926-0.10840.3626-0.07740.3433-33.0345-59.203340.6847
41.124-0.24821.39141.18670.57064.2778-0.4031-0.59240.3871-0.0633-0.03460.0511-0.7443-1.15790.45330.21550.1712-0.08170.3169-0.11110.1741-30.3061-63.481242.978
51.7334-0.02930.07310.96771.33691.8593-0.08570.0756-0.0707-0.077-0.0583-0.02410.0118-0.10260.10210.2335-0.0332-0.02830.16730.00160.215-41.2403-83.73164.6775
62.7169-0.64150.18291.12760.3570.18070.05050.7249-0.1741-0.2282-0.20170.095-0.03460.01350.14780.20170.0102-0.03850.2368-0.03780.1187-43.3999-86.5085-12.9974
72.5365-0.41660.08010.23410.19821.4017-0.0838-0.00050.5881-0.0439-0.0299-0.1657-0.27210.05710.11430.2238-0.0141-0.07160.1213-0.00150.3125-42.3315-70.36167.0092
83.08570.06661.2550.03370.11570.9798-0.4739-0.17660.4854-0.12060.2868-0.0947-0.5268-0.16580.25220.36360.0208-0.04530.1402-0.07060.3485-44.4607-67.04912.0028
91.71060.2769-2.03170.6497-0.00773.7010.3232-0.03290.29210.08370.02210.0551-0.5074-0.1262-0.25510.22970.00520.04290.2767-0.00030.1778-24.0881-121.13-35.8117
100.2107-0.1976-0.25680.3140.45430.8186-0.04960.1040.0143-0.15830.2595-0.20880.184-0.2019-0.11110.7177-0.48080.19460.6014-0.32690.7253-33.7704-145.6657-44.3914
111.807-0.1829-1.93330.62280.18313.9171-0.47551.0911-0.52910.00140.0380.21070.7419-1.66310.58780.1622-0.2980.07220.3125-0.22230.1255-30.7438-138.2548-43.5441
121.4533-0.0355-0.08870.86581.10091.7336-0.0769-0.00530.07280.1039-0.04120.02660.0275-0.10770.09240.20280.00820.0280.1423-0.01180.1857-42.5414-117.0617-5.1249
132.38690.5625-0.08890.96040.28690.14220.1021-0.58180.20910.27-0.25960.08860.0381-0.01130.09940.2357-0.04930.07240.2603-0.06140.2063-44.7479-113.651112.388
142.22680.4621-0.31430.41470.5081.5429-0.1523-0.0171-0.5660.14380.015-0.14440.38310.00010.14460.2094-0.00470.07140.0648-0.00090.2406-43.4273-130.6968-6.6997
15222222-12.89678.0246-0.7707-30.722513.45786.446210.535-2.3545-0.57061.04860.5131-0.13981.818-0.3580.7428-29.8364-141.9755-14.7176
162.92851.58130.33480.9508-0.23512.0123-0.17590.0052-0.4596-0.2080.0578-0.30550.4499-0.22680.06610.2631-0.05570.0970.175-0.03730.3001-46.9607-133.4139-10.8653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 19:67)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 68:116)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 117:153)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 154:238)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 239:301)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 302:332)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 333:449)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 450:469)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 19:127)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 128:150)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 151:238)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 239:301)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 302:332)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 333:450)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 457:457)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 458:469)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る