PDB-4fx0: Crystal structure of M. tuberculosis transcriptional regulator MosR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fx0

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis transcriptional regulator MosR

要素

PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Helix-turn-helix / Transcriptional repressor / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6981 Å

データ登録者

Brugarolas, P. / He, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Oxidation-sensing Regulator (MosR) Is a New Redox-dependent Transcription Factor in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Brugarolas, P. / Movahedzadeh, F. / Wang, Y. / Zhang, N. / Bartek, I.L. / Gao, Y.N. / Voskuil, M.I. / Franzblau, S.G. / He, C.

履歴

登録	2012年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fx0.cif.gz	111.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fx0.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fx0_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fx0_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	4fx0_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	4fx0_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/4fx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fx4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5val-1 4rzw-2 5i0z-d 1r1n-3 5yq8-2 7a1c-2 4i4e-d 4gu9-1 4kab-1 3ccf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN

B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN

32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.998, 66.677, 79.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN / Transcriptional regulator / MarR family / putative 分子量: 16155.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MosR, MT1079, Rv1049 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O53397

#1: タンパク質

PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN / Transcriptional regulator / MarR family / putative

分子量: 16155.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MosR, MT1079, Rv1049 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O53397

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M SODIUM CITRATE, PH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.698→19.85 Å / Num. all: 7960 / Num. obs: 7602 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.698→2.77 Å / % possible all: 78.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6981→19.846 Å / SU ML: 0.74 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	348	4.58 %
R_work	0.2306	-	-
obs	0.2326	7602	95.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.906 Å² / k_sol: 0.281 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-24.5914 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.5697 Å²	-0 Å²
3-	-	-	29.1611 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6981→19.846 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1967	0	0	0	1967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	2690
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.299	750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6981-3.3966	0.3813	157	0.2829	3404	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3966-19.8463	0.2438	191	0.2126	3850	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5901	1.4544	1.4108	6.6454	2.3157	2.7312	-0.246	-0.2228	-0.283	0.2084	0.2746	-0.4779	0.245	0.2902	-0.0916	0.3589	0.0419	0.0101	0.4223	0.0692	0.3628	14.751	-19.0617	-10.9493
2	3.7795	0.9029	-0.5824	3.5584	0.6211	3.2148	0.4913	0.1239	1.0082	-0.4256	-0.2624	0.5895	-0.7129	0.303	-0.238	0.4418	-0.0509	0.0061	0.3737	0.0156	0.6146	8.4784	-21.4827	-30.1059
3	0.3387	0.1031	1.8306	1.0803	2.0021	9.0294	-0.2741	-0.1282	-0.1662	0.0867	0.0909	0.4449	-0.365	-0.0763	0.0355	0.3721	-0.0064	0.0806	0.3753	-0.0205	0.5092	0.9698	-28.895	-18.1741
4	3.9852	2.4076	-0.8598	8.0283	-2.837	3.1695	-0.1831	0.4863	0.7161	0.2561	1.2189	2.0371	-0.4431	-0.9273	0.0303	0.3734	0.0619	-0.021	0.4728	-0.1022	0.6748	2.9022	-8.8866	-10.0033
5	5.7782	5.5734	-0.3238	6.9519	-0.7082	1.8386	-0.4627	0.0635	0.91	-1.1378	0.3894	0.9794	0.3522	-0.0727	-0.1251	0.5561	-0.0211	-0.0064	0.447	-0.0212	0.798	12.0849	-8.0909	-17.4753
6	3.4519	0.3835	0.1889	5.1384	-0.1605	3.2917	0.1769	0.5547	0.1231	0.7523	-0.0652	-0.1698	0.5371	-0.1754	-0.1612	0.5282	-0.0096	0.0541	0.4152	0.0127	0.3528	29.4234	-11.5274	-9.9599
7	4.456	2.629	0.428	6.0659	0.2928	4.1524	-0.7903	1.1513	-1.2767	-0.9083	0.2946	-0.3115	0.1328	-0.765	0.3412	0.4358	0.0279	0.0764	0.8351	-0.1412	0.6733	32.5713	-13.1404	-19.759
8	3.5181	-3.3092	1.099	9.891	-3.2015	2.0973	-0.9568	0.8105	-0.4079	0.51	-0.6863	-1.2305	0.0897	0.6631	0.9038	0.5207	-0.0409	0.1353	0.721	0.032	0.6389	40.2647	-10.2953	-12.1358
9	7.5981	0.9708	-1.715	0.7091	0.1512	0.8499	0.733	-0.4217	0.6826	0.214	-0.2996	0.1952	-0.3618	0.0487	-0.1287	0.5307	-0.0086	-0.0616	0.4668	0.1318	0.2959	22.4595	2.1863	-9.761
10	1.3771	0.5615	0.5484	6.9122	0.1105	2.8774	0.0065	-0.1095	-0.2272	0.8133	-0.5329	-0.0929	0.0937	-0.0133	0.1296	0.4962	0.1427	-0.1106	0.725	0.1503	0.4633	10.0804	-13.852	-2.3988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:102)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 103:126)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 127:147)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 8:33)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 34:69)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 70:82)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 83:102)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 103:126)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 127:147)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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