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- PDB-4fvp: Crystal structure of the Jak2 pseudokinase domain (apo form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvp
タイトルCrystal structure of the Jak2 pseudokinase domain (apo form)
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE / JANUS PROTEIN KINASE / PSEUDOKINASE / ATP BINDING / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / mammary gland epithelium development / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / type 1 angiotensin receptor binding / post-embryonic hemopoiesis / interleukin-12 receptor complex / erythropoietin-mediated signaling pathway / interleukin-23 receptor complex / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of NK T cell proliferation / acetylcholine receptor binding / positive regulation of platelet activation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / Interleukin-12 signaling / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / regulation of nitric oxide biosynthetic process / growth hormone receptor binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / axon regeneration / response to hydroperoxide / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / growth hormone receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of cell-cell adhesion / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / peptide hormone receptor binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / Prolactin receptor signaling / MAPK1 (ERK2) activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / mesoderm development / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / response to tumor necrosis factor / signaling receptor activator activity / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / insulin receptor substrate binding / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to dexamethasone stimulus / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Erythropoietin activates RAS / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament polymerization / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / SH2 domain binding / post-translational protein modification / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / endosome lumen / positive regulation of apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Bandaranayake, R.M. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the JAK2 pseudokinase domain and the pathogenic mutant V617F.
著者: Bandaranayake, R.M. / Ungureanu, D. / Shan, Y. / Shaw, D.E. / Silvennoinen, O. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22012年8月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3053
ポリマ－33,1211
非ポリマー1842
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.362, 57.143, 60.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 33120.961 Da / 分子数: 1 / 断片: Jak2 pseudokinase domain, UNP residues 536-812 / 変異: W659A, W777A, F794H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris/HCl, PEG 4000, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月27日 / 詳細: Osmic Blue
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 19131 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.01-2.083.50.12118571.309198.6
2.08-2.173.60.09619041.285199.9
2.17-2.263.60.0819241.251199.9
2.26-2.383.60.07218921.116199.9
2.38-2.533.70.06219051.032199.9
2.53-2.733.70.05519041.125199.8
2.73-33.70.04619301.1891100
3-3.443.70.03719201.3461100
3.44-4.333.80.0319211.535199.8
4.33-503.70.02719741.269199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M14

1m14


解像度: 2.01→33.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2268 / WRfactor Rwork: 0.1931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8723 / SU B: 6.646 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1876 / SU Rfree: 0.1553 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2123 981 5.1 %RANDOM
Rwork0.1796 ---
obs0.1813 19090 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.16 Å2 / Biso mean: 25.6472 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20.02 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2140 0 12 154 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.9642983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79933582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8565273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58325.248101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1915367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.222158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
LS精密化 シェル解像度: 2.011→2.063 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 79 -
Rwork0.201 1261 -
all-1340 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.424-0.2761-3.58045.42240.19947.12210.0258-0.06420.4238-0.03830.0253-0.3704-0.44190.4236-0.0510.1093-0.043-0.02730.0609-0.00980.06430.36527.95526.31
212.9081-7.3248-2.12115.38742.00092.4434-0.1427-0.0261-0.93630.17720.02580.42240.09790.07410.11690.1578-0.00010.01130.0621-0.00020.1025-6.06312.13228.658
30.62641.4536-0.795814.9817-7.0953.4297-0.07230.02710.0858-0.25170.15320.01720.076-0.1046-0.08090.17640.00070.03130.0781-0.00910.1015-7.18630.93520.725
43.7577-3.81583.133910.0458-4.37474.8446-0.0570.0053-0.1338-0.03150.15760.3392-0.16140.0293-0.10050.0983-0.0320.03020.0473-0.00660.0265-5.80522.23324.525
58.0194-3.794-2.98796.99252.179815.3296-0.0825-0.66550.02060.34180.1262-0.19650.05670.755-0.04360.0855-0.0133-0.0640.1391-0.01480.0618.54211.99330.295
63.8453-0.54772.0445.0646-9.655530.41340.16790.2824-0.1463-0.06070.2453-0.2828-0.2230.7113-0.41320.1606-0.0330.01520.1692-0.05430.20667.06117.316.138
70.86290.37280.56061.7461.02462.0783-0.0056-0.13840.11250.0494-0.025-0.0911-0.11270.03290.03050.1141-0.01060.01120.09290.00610.08050.33921.0917.992
87.8481-0.72866.0790.91470.14128.03530.12010.0375-0.182-0.0684-0.0867-0.12710.20630.0853-0.03350.1615-0.01160.02080.0490.01620.0742-3.90919.91421.478
910.2383-2.72330.79948.369-1.07135.3469-0.1287-0.1065-0.02170.1103-0.14540.29590.0367-0.31430.27410.07170.01020.05740.089-0.01690.0673-15.318.87715.614
104.92581.6616-13.75850.5786-5.533786.61410.439-1.09630.55310.1001-0.26030.1760.4906-3.4403-0.17880.2821-0.2040.03141.211-0.31650.62-21.4632.6429.619
1115.16821.50380.71016.0646-0.70045.31870.10210.4519-0.0133-0.5026-0.14480.48860.1829-0.31980.04270.1289-0.0107-0.03940.1341-0.01670.0591-14.2114.7832.602
128.26610.57841.34982.4364-0.75951.73470.04080.15960.1565-0.1882-0.1057-0.16650.0480.1060.06490.09380.01250.02210.07250.0170.03492.33310.4033.039
137.9564-2.2780.73193.019-0.29860.86220.07540.2635-0.0198-0.0049-0.06230.2058-0.0768-0.0202-0.01310.08940.00360.02420.0591-0.01370.0271-9.61610.71610.563
1413.83764.89853.41152.43091.17287.4561-0.40070.76620.3159-0.24050.2370.2953-0.6169-0.28770.16370.11710.0327-0.01770.11760.02110.0743-13.1914.5294.856
151.5871-0.80290.43882.0462-0.74082.0611-0.104-0.0620.04060.17140.0073-0.25050.04630.21090.09670.06420.026-0.01750.09550.00480.04596.343-0.0519.028
161.07310.2751-0.97271.3324-0.56131.9368-0.03070.0099-0.02570.0435-0.04920.0360.0108-0.00040.07990.09320.0050.0030.0438-0.0110.0381-4.016-3.46413.29
173.1969-1.4209-0.76935.1337-2.76789.9867-0.1509-0.1542-0.3097-0.078-0.1735-0.12850.72630.5680.32440.13170.05430.05030.03950.03790.1012.23-14.46416.332
180.96470.4818-0.37562.9798-0.57924.68550.01790.0432-0.0657-0.1258-0.07650.3130.1152-0.29140.05860.13820.00330.00830.0801-0.03270.0915-9.501-7.4024.55
192.3437-1.8771.19284.2039-1.4553.91190.05950.1814-0.0662-0.1092-0.1051-0.16960.04220.22770.04560.1095-0.00120.01560.0826-0.00570.02213.995-3.8562.336
2019.6837-1.10960.504624.20171.369124.48340.35171.3677-0.6296-0.9273-0.05291.11890.5082-0.5897-0.29870.24690.05-0.12790.1904-0.05510.0982-8.0581.244-6.688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A536 - 547
2X-RAY DIFFRACTION2A548 - 558
3X-RAY DIFFRACTION3A559 - 573
4X-RAY DIFFRACTION4A574 - 584
5X-RAY DIFFRACTION5A585 - 593
6X-RAY DIFFRACTION6A594 - 604
7X-RAY DIFFRACTION7A605 - 621
8X-RAY DIFFRACTION8A622 - 629
9X-RAY DIFFRACTION9A630 - 640
10X-RAY DIFFRACTION10A641 - 646
11X-RAY DIFFRACTION11A647 - 654
12X-RAY DIFFRACTION12A655 - 669
13X-RAY DIFFRACTION13A670 - 689
14X-RAY DIFFRACTION14A690 - 696
15X-RAY DIFFRACTION15A697 - 731
16X-RAY DIFFRACTION16A732 - 760
17X-RAY DIFFRACTION17A761 - 771
18X-RAY DIFFRACTION18A772 - 784
19X-RAY DIFFRACTION19A785 - 802
20X-RAY DIFFRACTION20A803 - 809

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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