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- PDB-4fva: Crystal structure of truncated Caenorhabditis elegans TDP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fva
タイトルCrystal structure of truncated Caenorhabditis elegans TDP2
要素5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / 5'-phosphotyrosyl-DNA diesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / PML body / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / UBA-like domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / UBA-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for recognition of 5'-phosphotyrosine adducts by Tdp2.
著者: Shi, K. / Kurahashi, K. / Gao, R. / Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A. / Pommier, Y. / Aihara, H.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
B: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
C: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
D: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,79730
ポリマ－117,1344
非ポリマー1,66326
水10,160564
1
A: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6587
ポリマ－29,2831
非ポリマー3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,88410
ポリマ－29,2831
非ポリマー6019
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6587
ポリマ－29,2831
非ポリマー3756
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5966
ポリマ－29,2831
非ポリマー3135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 104.400, 84.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase / 5'-Tyr-DNA phosphodiesterase


分子量: 29283.492 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 107-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Y63D3A.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9XWG3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5
詳細: 30% PEG 3,350 and 0.2M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 66104 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.566 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1066)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→44.993 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2107 1672 3.03 %
Rwork0.1591 --
obs0.1606 55258 99.16 %
all-55259 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→44.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8063 0 107 564 8734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10611186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4413075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.13090.26861410.2034422X-RAY DIFFRACTION98
2.1309-2.19970.25511350.18614432X-RAY DIFFRACTION99
2.1997-2.27830.25451400.18524447X-RAY DIFFRACTION99
2.2783-2.36950.24381320.1784414X-RAY DIFFRACTION99
2.3695-2.47740.21431420.17194449X-RAY DIFFRACTION99
2.4774-2.6080.24551420.16394450X-RAY DIFFRACTION99
2.608-2.77130.21171400.1634472X-RAY DIFFRACTION99
2.7713-2.98530.20011400.16024459X-RAY DIFFRACTION99
2.9853-3.28560.20841420.16114496X-RAY DIFFRACTION100
3.2856-3.76080.21471370.13974494X-RAY DIFFRACTION100
3.7608-4.73740.16571380.12814506X-RAY DIFFRACTION100
4.7374-45.00410.19651430.16694545X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.4368 Å / Origin y: 1.3072 Å / Origin z: -20.5082 Å
111213212223313233
T0.1984 Å2-0.019 Å20.0105 Å2-0.2168 Å20.0061 Å2--0.1954 Å2
L0.2064 °2-0.2221 °20.1189 °2-0.3223 °2-0.0555 °2--0.1608 °2
S-0.0149 Å °0.0086 Å °0.0019 Å °0.0191 Å °-0.0041 Å °-0.0043 Å °0.0011 Å °-0.0278 Å °0.0324 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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