PDB-4fuv: Crystal Structure of Acinetobacter baumannii CarO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fuv

タイトル

Crystal Structure of Acinetobacter baumannii CarO

要素

porin protein associated with imipenem resistance

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / 8-stranded b-barrel / ornithine/imipenem transport / outer membrane

機能・相同性

Porin - #170 / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / Putative porin protein associated with imipenem resistance / Putative porin protein associated with imipenem resistance

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.151 Å

データ登録者

Eren, E. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Outer membrane transport of amino acids and antibiotics by an 8-stranded b-barrel protein
著者: Eren, E. / Ohneswere, S. / Adelanwa, A. / van den Berg, B.

履歴

登録	2012年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fuv.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fuv.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fuv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fuv_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fuv_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4fuv_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	4fuv_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fuv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fuv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fvx 4fvy 4fvz 4fw0
類似構造データ	20532 6ef4-d 1wwl-d 5jhq-4 1ziw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: porin protein associated with imipenem resistance

ヘテロ分子

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: porin protein associated with imipenem resistance

ヘテロ分子

A: porin protein associated with imipenem resistance

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.526, 120.867, 112.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	porin protein associated with imipenem resistance 分子量: 25383.787 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 22-246 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: TCDC-AB0715 / 遺伝子: ABTW07_2987 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0QP73, UniProt: A0A7U4DTK0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 1000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium sulfate, 0.05M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X6A	1	0.9784, 0.9788, 0.9184
シンクロトロン	NSLS	X25	2	1.1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2012年2月1日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2012年4月1日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9784	1
2	0.9788	1
3	0.9184	1
4	1.1	1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 22958 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6 % / R_sym value: 4.4 / Net I/σ(I): 39.3

反射シェル

解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 1041 / R_sym value: 53.2 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AutoSol		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.151→41.11 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	2245	9.88 %
R_work	0.2018	-	-
obs	0.2057	22727	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.151→41.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1604	0	112	126	1842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1759
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.92	634
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	240
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1509-2.1975	0.3984	143	0.3546	1188	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1975-2.2485	0.5922	123	0.4715	1141	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2485-2.3045	0.3808	140	0.2843	1253	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3045-2.3666	0.2894	133	0.2046	1298	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3666-2.4359	0.2167	132	0.1987	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4359-2.5142	0.2744	131	0.195	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5142-2.6036	0.2307	145	0.1935	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6036-2.7073	0.2374	136	0.1923	1299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.8297	0.2804	139	0.194	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8297-2.9778	0.2254	147	0.2041	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9778-3.1627	0.2562	145	0.1925	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1627-3.4043	0.2063	139	0.1862	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4043-3.742	0.2325	146	0.1882	1282	X-RAY DIFFRACTION	98
3.742-4.2725	0.234	145	0.2011	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2725-5.3421	0.1949	148	0.1743	1317	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3421-14.9904	0.2516	153	0.2075	1382	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.1343 Å / Origin y: 73.6753 Å / Origin z: 40.1813 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.261 Å²	-0.0518 Å²	-0.0382 Å²	-	0.2616 Å²	0.0211 Å²	-	-	0.1972 Å²
L	1.3302 °²	0.9945 °²	-0.3915 °²	-	1.7158 °²	-0.2922 °²	-	-	0.2534 °²
S	0.1002 Å °	-0.1381 Å °	0.0878 Å °	0.1259 Å °	-0.1734 Å °	-0.0338 Å °	-0.0612 Å °	0.0266 Å °	0.0832 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)