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万見
- PDB-4fu3: CID of human RPRD1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fu3
タイトルCID of human RPRD1B
要素Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics Consortium / SGC / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle process / RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...regulation of cell cycle process / RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. ...Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Greenblatt, J.F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CID of human RPRD1B
著者: Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Greenblatt, J.F.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,30115
ポリマ－31,1952
非ポリマー10613
水1,36976
1
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子

A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,60330
ポリマ－62,3904
非ポリマー21326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area10600 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
2
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子

A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,33718
ポリマ－31,1952
非ポリマー14216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2970 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13580 Å2
手法PISA
3
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子

B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,26612
ポリマ－31,1952
非ポリマー7110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3070 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.752, 79.784, 108.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B / Cell cycle-related and expression-elevated protein in tumor


分子量: 15597.543 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPRD1B, C20orf77, CREPT / プラスミド: pET15 MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NQG5
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG-4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
chess1001
11
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.78 Å / Num. obs: 20170 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 7.19 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6638
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.9-27.110.98204382875199.96
2-2.127.20.53200502785199.98
2.12-2.277.290.31187362570199.98
2.27-2.457.330.191778224271100
2.45-2.697.330.121629522231100
2.69-37.320.071488120321100
3-3.477.280.041308917971100
3.47-4.257.180.031107915441100
4.25-6.016.930.03843212171100
6.01-46.785.950.034163700198.82

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unpublished model of same protein, different crystal form

解像度: 1.9→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: DM, PARROT, ARP/WARP, REFMAC, COOT and the MOLPROBITY server were also used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2589 1048 5.21 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.209 ---
obs0.2116 20125 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.05 Å2 / Biso mean: 37.5815 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4705 Å20 Å20 Å2
2---1.5618 Å20 Å2
3---1.0913 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.301 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 13 76 2101
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d752SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes314HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2098HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion267SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2509SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2098HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2840HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.36
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 129 4.49 %
Rwork0.2205 2743 -
all0.2209 2872 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42230.1830.00730.3120.14921.1042-0.00140.00630.07880.0249-0.10190.1063-0.0927-0.1440.1033-0.05660.06150.0232-0.11710.01270.1246-6.332717.668117.2787
21.35560.5717-0.6850.2002-0.37052.35310.00090.0718-0.09550.0855-0.03990.04430.13220.32730.039-0.030.086-0.0321-0.05490.0002-0.032111.14342.651723.2685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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