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- PDB-4hfg: CID of human RPRD1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfg
タイトルCID of human RPRD1B
要素Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell cycle process / RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm ...regulation of cell cycle process / RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. ...Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Greenblatt, J.F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CID of human RPRD1B
著者: Ni, Z. / Xu, C. / Tempel, W. / El Bakkouri, M. / Loppnau, P. / Guo, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Greenblatt, J.F.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年10月17日ID: 4FLD
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,69818
ポリマ－31,1212
非ポリマー57616
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.083, 48.492, 112.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1B / Cell cycle-related and expression-elevated protein in tumor


分子量: 15560.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPRD1B, C20orf77, CREPT / プラスミド: pET15 MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NQG5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG550MME, 0.1M ammounium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0441 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0441 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 18559 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.473 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.036.10.8858891.596197.6
2.03-2.076.40.7648881.32199.3
2.07-2.116.50.6949171.382198.9
2.11-2.156.70.6138951.342199.8
2.15-2.26.90.5419331.3041100
2.2-2.2570.4568861.4161100
2.25-2.317.20.4189351.4331100
2.31-2.377.20.3838961.4281100
2.37-2.447.20.3019431.3751100
2.44-2.527.30.2379111.3661100
2.52-2.617.20.2059071.3151100
2.61-2.717.20.1669291.3521100
2.71-2.847.20.1459301.3621100
2.84-2.997.10.1159191.2721100
2.99-3.177.10.0929331.371100
3.17-3.427.10.089391.661100
3.42-3.7670.0679422.1141100
3.76-4.316.90.0559512.2011100
4.31-5.426.70.049761.4851100
5.42-406.50.03210401.344199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4FLB

4flb


解像度: 2→36.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2407 / WRfactor Rwork: 0.1708 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8192 / SU B: 10.533 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.1928 / SU Rfree: 0.1882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. RESOLVE, BUCCANEER, DM, ARP/WARP, COOT, CHAINSAW AND MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 1033 5.7 %thin shells (SFTOOLS)
Rwork0.1847 ---
obs0.1888 18272 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.61 Å2 / Biso mean: 37.0332 Å2 / Biso min: 17.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2--3.32 Å20 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 40 90 2183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.9492900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82634579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3375263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17323.204103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0351518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02527
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.284 1274 -
obs--97.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9957-0.35010.2252.22231.74164.15230.02810.07430.19480.04760.0007-0.0052-0.539-0.0698-0.02880.13170.01090.01960.07930.00150.08191.945349.33989.2591
22.4197-0.57490.46710.4835-0.06974.1636-0.1363-0.207-0.08180.21660.0799-0.04080.06480.38040.05640.1205-0.0024-0.00060.1677-0.03770.08612.954240.784820.1199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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