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- PDB-4fts: Crystal structure of the N363T mutant of the Flock House virus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fts
タイトルCrystal structure of the N363T mutant of the Flock House virus capsid
要素
  • Capsid protein alpha
  • Random cellular RNAs
キーワードVIRUS / FLOCK HOUSE VIRUS / Nodavirus / RNA / BETA-BARREL / JELLYROLL / ASPARTYL PROTEASE / CAPSID PROTEIN / HYDROLASE / autoproteolysis / VIRION / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


nodavirus endopeptidase / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=3 icosahedral viral capsid / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A6, nodavirus coat protein / Peptidase A6 family / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Flock house virus (ウイルス)
SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Speir, J.A. / Chen, Z. / Reddy, V.S. / Johnson, J.E.
引用ジャーナル: to be published / 年: 2012
タイトル: Structural study of virus assembly intermediates reveals maturation event sequence and a staging position for externalized lytic peptides
著者: Speir, J.A. / Chen, Z. / Reddy, V.S. / Johnson, J.E.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年8月1日ID: 2Q23
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein alpha
B: Capsid protein alpha
C: Capsid protein alpha
R: Random cellular RNAs
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,78113
ポリマ－135,7744
非ポリマー1,0079
水4,864270
1
A: Capsid protein alpha
B: Capsid protein alpha
C: Capsid protein alpha
R: Random cellular RNAs
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,206,832780
ポリマ－8,146,427240
非ポリマー60,405540
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein alpha
B: Capsid protein alpha
C: Capsid protein alpha
R: Random cellular RNAs
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 684 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)683,90365
ポリマ－678,86920
非ポリマー5,03445
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein alpha
B: Capsid protein alpha
C: Capsid protein alpha
R: Random cellular RNAs
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 821 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)820,68378
ポリマ－814,64324
非ポリマー6,04054
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein alpha
B: Capsid protein alpha
C: Capsid protein alpha
R: Random cellular RNAs
ヘテロ分子
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.74 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,735,611260
ポリマ－2,715,47680
非ポリマー20,135180
水1,44180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)326.040, 326.040, 770.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain AAAA,CCCC, using strict)
NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.3453649, -0.6666958, 0.66048451), (0.84484446, 0.52730292, 0.09049573), (-0.40860853, 0.52675263, 0.74536617)
3generate(-0.71385695, -0.23389202, 0.66007786), (0.70029125, -0.23753702, 0.6731778), (-0.00065797, 0.94279938, 0.33335998)
4generate(-0.71385695, 0.70029123, -0.00065799), (-0.23389201, -0.23753703, 0.9427994), (0.66007786, 0.67317779, 0.33335999)
5generate(0.3453649, 0.84484445, -0.40860854), (-0.6666958, 0.52730291, 0.52675264), (0.66048451, 0.09049572, 0.74536618)
6generate(-0.96316742, -0.26890244), (-0.26890243, 0.96316742, 2.0E-8), (3.0E-8, -1)
7generate(-0.55982495, 0.50034663, -0.66049169), (0.72085719, 0.68715713, -0.09044334), (0.40860855, -0.52675261, -0.74536617)
8generate(0.49925373, 0.28915145, -0.81678464), (0.86645559, -0.16589377, 0.47088639), (0.000658, -0.94279939, -0.33335996)
9generate(0.75045789, -0.61062342, -0.25288731), (-0.03331928, -0.41709793, 0.9082506), (-0.66007787, -0.6731778, -0.33335996)
10generate(-0.15336809, -0.95551969, 0.25191336), (-0.73500913, 0.28070026, 0.61722682), (-0.66048454, -0.09049571, -0.74536616)
11generate(0.15359883, 0.37783257, 0.91304433), (0.95522227, 0.17971175, -0.23506195), (-0.25289885, 0.9082655, -0.33331058)
12generate(-0.00082029, 0.57777702, 0.81619424), (0.57777703, -0.66589965, 0.47196543), (0.81619424, 0.47196543, -0.33328006)
13generate(0.15434449, 0.73514286, 0.66010813), (-0.55588683, -0.48772332, 0.67313878), (0.81680329, -0.47084067, 0.33337883)
14generate(0.40466073, 0.63245585, 0.6604917), (-0.87908439, 0.4680071, 0.09044336), (-0.25191338, -0.61722681, 0.74536616)
15generate(0.40419989, 0.41162595, 0.81681487), (0.05483239, 0.88050466, -0.47085556), (-0.91302566, 0.23510768, 0.33332944)
16generate(-0.40480299, -0.41224096, -0.81620581), (0.87873586, 0.07149242, -0.47192386), (0.25289888, -0.9082655, 0.33331057)
17generate(-0.15457558, -0.37743396, -0.91304435), (0.55671661, -0.79673848, 0.2351051), (-0.81619422, -0.47196545, 0.33328007)
18generate(0.00081974, -0.57691566, -0.81680331), (-0.57691567, -0.66744093, 0.47084066), (-0.81680331, 0.47084065, -0.33337881)
19generate(-0.15336809, -0.73500912, -0.66048453), (-0.9555197, 0.28070026, -0.09049572), (0.25191335, 0.61722683, -0.74536616)
20generate(-0.40405673, -0.63323455, -0.66011526), (-0.05587758, 0.73738619, -0.67315624), (0.91302566, -0.23510765, -0.33332946)
詳細biological unit is an icosahedral virus generated by applying the provided matrices

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCR

#1: タンパク質 Capsid protein alpha


分子量: 43735.391 Da / 分子数: 3 / 変異: N363T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flock house virus (ウイルス) / 遺伝子: alpha, coat protein alpha / プラスミド: PBACPAK9 / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12870, nodavirus endopeptidase
#2: RNA鎖 Random cellular RNAs


分子量: 4567.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
細胞株: SF21

-
非ポリマー , 5種, 279分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 5-6% PEG 8K, 0.15M LITHIUM SULFATE, 0.1M HEPES AND 0.01M CALCIUM CHLORIDE, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 463709 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 20255 / % possible all: 80.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Wild-type FHV coordinates

解像度: 3.2→40 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0
詳細: Cross-validation not used due to 20-fold non-crystallographic symmetry
Rfactor反射数%反射
Rwork0.259 --
Rfree-0 -
obs-461959 91.8 %
溶媒の処理Bsol: 54.829 Å2
原子変位パラメータBiso max: 350.55 Å2 / Biso mean: 85.2895 Å2 / Biso min: 12.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.025 Å20 Å20 Å2
2---0.025 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7374 302 55 270 8001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.493
Refine LS restraints NCSRms: 0 / タイプ: strict / Weight: 300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
3.2-3.310.398339543X-RAY DIFFRACTION1078.4
3.31-3.450.391241730X-RAY DIFFRACTION1083.1
3.45-3.60.367843541X-RAY DIFFRACTION1086.5
3.6-3.790.349644322X-RAY DIFFRACTION1088
3.79-4.030.318345719X-RAY DIFFRACTION1090.6
4.03-4.340.280447444X-RAY DIFFRACTION1094.4
4.34-4.780.237449130X-RAY DIFFRACTION1097.7
4.78-5.470.219350082X-RAY DIFFRACTION1099.5
5.47-6.880.196250309X-RAY DIFFRACTION10100
6.88-400.172650139X-RAY DIFFRACTION1099.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6EPE.paramEPE.top

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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