PDB-4fsx: crystal structure of Se-substituted Zea mays ZMET2 in complex with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fsx

タイトル

crystal structure of Se-substituted Zea mays ZMET2 in complex with SAH

要素

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / chromodomain / BAH domain / DNA methyltransferase domain / H3K9me2 binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / methylation / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Dual Binding of Chromomethylase Domains to H3K9me2-Containing Nucleosomes Directs DNA Methylation in Plants.
著者: Du, J. / Zhong, X. / Bernatavichute, Y.V. / Stroud, H. / Feng, S. / Caro, E. / Vashisht, A.A. / Terragni, J. / Chin, H.G. / Tu, A. / Hetzel, J. / Wohlschlegel, J.A. / Pradhan, S. / Patel, D.J. / Jacobsen, S.E.

履歴

登録	2012年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fsx.cif.gz	538.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fsx.ent.gz	459.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fsx_validation.pdf.gz	982.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fsx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4fsx_validation.xml.gz	73.9 KB	表示
CIF形式データ	4fsx_validation.cif.gz	98.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fsx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ft2C 4ft4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ft4-2 4ft4-1 4hjj-d 1gtr-d 2i9t-d 5aff-d 3wfs-2 4x0b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

177 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.857, 88.952, 113.493
Angle α, β, γ (deg.)	93.47, 95.53, 110.41
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Chromomethylase 1 / DNA cytosine methyltransferase MET2a / Zea methyltransferase2 / Zmet2 分子量: 88342.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 130-912 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: MET2A, ZMET2 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL 参照: UniProt: Q9AXT8, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S

#1: タンパク質

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Chromomethylase 1 / DNA cytosine methyltransferase MET2a / Zea methyltransferase2 / Zmet2

分子量: 88342.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 130-912 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: MET2A, ZMET2 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL
参照: UniProt: Q9AXT8, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, and 10% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 39014 / Num. obs: 38702 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 59.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.175 / R_sym value: 0.175 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.595 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.2→40.25 Å / SU ML: 0.93 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	3799	5.01 %
R_work	0.24	-	-
obs	0.241	38685	97.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.43 Å² / k_sol: 0.29 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.5146 Å²	-1.7924 Å²	-0.0951 Å²
2-	-	9.8106 Å²	-5.0806 Å²
3-	-	-	0.704 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10579	0	52	0	10631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	10893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.819	14780
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.896	4001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	1578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	1927

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2405	0.4196	113	0.3676	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2405-3.2832	0.3772	132	0.3418	2630	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2832-3.3281	0.332	150	0.3232	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3281-3.3756	0.3674	106	0.301	2592	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3756-3.426	0.3383	149	0.2913	2741	X-RAY DIFFRACTION	97
3.426-3.4795	0.2747	128	0.2889	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4795-3.5365	0.2802	173	0.2833	2587	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5365-3.5975	0.3357	126	0.2757	2744	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5975-3.6628	0.2791	137	0.274	2604	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6628-3.7332	0.2856	137	0.2725	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7332-3.8094	0.2859	149	0.2446	2751	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8094-3.8921	0.29	159	0.26	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8921-3.9826	0.2982	146	0.2369	2609	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9826-4.0821	0.2468	148	0.2266	2685	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0821-4.1924	0.257	160	0.2127	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1924-4.3156	0.2607	127	0.208	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3156-4.4547	0.2871	149	0.2024	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4547-4.6137	0.2234	161	0.1871	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6137-4.7982	0.2461	134	0.1871	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7982-5.0161	0.2184	143	0.2007	2744	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0161-5.2801	0.2469	137	0.2037	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2801-5.6101	0.2669	127	0.2293	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6101-6.0419	0.2454	131	0.2466	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0419-6.6475	0.2453	123	0.2508	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6475-7.6037	0.2137	133	0.2349	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
7.6037-9.5587	0.2177	156	0.2056	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
9.5587-40.2516	0.2074	165	0.2401	2597	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8536	0.5721	0.5303	0.6803	0.3209	0.887	-0.0138	0.122	0.1047	-0.0266	-0.0932	0.156	-0.0953	-0.0822	0.1181	-0.0712	-0.0171	-0.0697	0.1781	-0.118	0.1038	-48.4036	49.5282	-56.9939
2	2.38	-0.3561	0.303	0.5491	-0.0065	0.7531	-0.0496	-0.0968	-0.2528	0.0529	-0.0171	-0.0012	0.1431	0.0861	0.0132	0.0037	0.0069	0.0472	0.0741	-0.0555	0.0233	-31.0969	37.8757	-53.1576
3	1.7166	-0.0201	0.3825	0.6988	0.1095	0.9784	0.0052	-0.1211	-0.1509	0.1067	0.0519	-0.0448	0.1896	0.0768	0.0621	0.0627	0.0192	-0.0327	0.1004	0.0277	0.0809	-17.9915	36.9478	-41.9296
4	1.4696	-0.4233	-0.2492	0.4904	0.2787	1.0633	-0.0982	-0.1257	-0.2584	0.0576	-0.0946	0.2203	0.1997	-0.1853	0.1183	-0.1794	0.0142	0.1442	0.2172	-0.0917	0.0498	-46.133	73.0205	0.7467
5	1.6241	0.2272	-0.1085	0.5451	0.2084	0.8015	-0.0422	0.1399	0.0824	-0.1182	0.1172	-0.0969	-0.1302	0.1359	-0.0316	-0.0579	-0.0698	0.0509	0.1367	-0.0298	-0.0639	-28.7554	83.7143	-4.0419
6	0.8998	0.2849	0.0134	0.7752	0.3805	0.5542	-0.1433	0.1552	0.0091	-0.2834	0.1727	-0.1329	-0.1318	0.2387	-0.0049	-0.0756	-0.1419	0.0694	0.101	-0.1212	-0.0335	-15.7999	83.3246	-14.739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 134:551)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 552:685)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 686:886)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 133:551)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 552:685)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 686:885)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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