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- PDB-4fsp: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK11 (OpdR) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fsp
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK11 (OpdR)
要素Probable porin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Beta-barrel / Transporter (porin) / Outer Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.323 Å
データ登録者Eren, E. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of OccK Subfamily Proteins
著者: Eren, E. / van den Berg, B.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable porin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,99810
ポリマ－45,2401
非ポリマー2,7589
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.892, 147.810, 84.513
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-654-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable porin


分子量: 45240.152 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 23-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA3588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HY38
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 4000, 0.2M potassium fluoride, 0.05M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.897 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 26201 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1288 / Rsym value: 0.628 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T20

3t20


解像度: 2.323→19.948 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1327 5.08 %
Rwork0.1936 --
obs0.196 26141 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.323→19.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 105 159 3135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2324042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8991144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3233-2.41610.27671500.21652645X-RAY DIFFRACTION98
2.4161-2.52590.31891380.21452745X-RAY DIFFRACTION100
2.5259-2.65880.23911460.19782744X-RAY DIFFRACTION100
2.6588-2.82490.26311610.19512713X-RAY DIFFRACTION100
2.8249-3.04240.25921310.18942777X-RAY DIFFRACTION100
3.0424-3.34720.22911530.1922723X-RAY DIFFRACTION100
3.3472-3.82860.23811290.18482811X-RAY DIFFRACTION100
3.8286-4.81240.21731560.18062765X-RAY DIFFRACTION100
4.8124-19.94850.24041630.20742891X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.1167 Å / Origin y: 24.4604 Å / Origin z: -2.3814 Å
111213212223313233
T0.2131 Å2-0.0276 Å2-0.0659 Å2-0.217 Å20.0191 Å2--0.2079 Å2
L0.5124 °20.3669 °2-0.6038 °2-1.4779 °2-0.9471 °2--1.6621 °2
S-0.08 Å °0.0638 Å °-0.0829 Å °-0.2441 Å °0.1448 Å °0.1014 Å °0.3151 Å °-0.1532 Å °-0.0524 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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