PDB-4fsb: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 in its oxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fsb

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-31 in its oxidized form at 1.88 A

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-31

キーワード

HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase superfamily / beta-lactam hydrolyzing enzyme / Zinc binding

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Herzog, K. / Hoffmann, K.M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The three-dimensional structure of VIM-31 - a metallo-beta-lactamase from Enterobacter cloacae in its native and oxidized form.
著者: Kupper, M.B. / Herzog, K. / Bennink, S. / Schlomer, P. / Bogaerts, P. / Glupczynski, Y. / Fischer, R. / Bebrone, C. / Hoffmann, K.M.

履歴

登録	2012年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.3	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fsb.cif.gz	198.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fsb.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fsb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fsb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fr7C 1ko3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tt8-d 5lsc-2 5nbp-1 5vbc-2 5ypm-6 6cac-4 5zgy-d 2vel-2 4gyz-4 3dt6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-31

B: Metallo-beta-lactamase VIM-31

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Metallo-beta-lactamase VIM-31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Metallo-beta-lactamase VIM-31

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.020, 80.130, 77.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	32 - 263
2	0	1	0	B	32 - 263

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-31 分子量: 25192.963 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-266 / 変異: Y201H, H229R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 株: 11236 / 遺伝子: blaVIM-31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7BI22, UniProt: I3RJZ3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: VIM-31 (12 mg/ml) 1:1 dilution with the condition 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 30 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月1日

放射

モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→40.06 Å / Num. all: 33380 / Num. obs: 33380 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.86-1.96	3.7	0.157	7.7	4079	0.157	81.9
1.96-2.08	3.8	0.105	11.2	4673	0.105	99.4
2.08-2.23	3.8	0.082	14	4465	0.082	99.7
2.23-2.4	3.8	0.072	16.1	4096	0.072	99.9
2.4-2.63	3.9	0.056	19.7	3824	0.056	100
2.63-2.94	3.9	0.043	23.2	3454	0.043	100
2.94-3.4	3.9	0.032	29.8	3064	0.032	100
3.4-4.16	3.9	0.032	36.2	2580	0.032	100
4.16-5.89	3.9	0.029	37.1	2021	0.029	100
5.89-40.06	3.9	0.03	35.8	1124	0.03	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ko3

1ko3

解像度: 1.88→40.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.096 / SU ML: 0.082 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19478	1685	5 %	RANDOM
R_work	0.14745	-	-	-
obs	0.14985	31694	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.13 Å²	0 Å²	3.74 Å²
2-	-	-8.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→40.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3490	0	8	473	3971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	3692
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.077	1.953	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.82	3	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.609	23.642	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.35	15	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.197	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.876→1.925 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	105	-
R_work	0.174	2193	-
obs	-	4079	92.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5035	-1.8204	-0.3474	3.0397	-0.7656	1.7643	0.0185	-0.0072	0.0914	0.348	0.0326	-0.0813	-0.5088	-0.0214	-0.0511	0.1565	-0.0098	0.0176	0.073	-0.0212	0.0128	-4.904	8.837	-5.103
2	1.1155	-0.0013	0.151	0.5195	0.0083	0.1966	-0.1149	-0.1636	0.0747	0.0009	0.0728	-0.0674	-0.0223	-0.0239	0.042	0.0166	0.0089	-0.0044	0.0842	-0.0117	0.0335	-12.254	2.52	-8.379
3	1.4571	-0.6863	-0.422	0.5825	-0.0126	0.649	-0.0541	-0.1586	-0.0625	-0.0041	0.0668	-0.0208	0.0127	0.041	-0.0128	0.0125	-0.005	0.0098	0.0765	0.0134	0.0304	-12.479	-5.372	-6.068
4	0.6364	-0.0284	0.0069	0.3466	-0.5458	0.883	0.0092	-0.0226	-0.0595	-0.0357	0.0144	-0.002	0.0526	-0.0097	-0.0236	0.0255	-0.0109	-0.0017	0.0346	0.0003	0.0574	-12.636	-10.561	-17.273
5	1.4333	1.0584	-0.1781	1.4542	-0.5372	0.8606	-0.022	0.1101	-0.2114	-0.1853	0.0885	-0.1133	0.1861	0.0376	-0.0665	0.0668	0.0007	-0.0048	0.0189	-0.0262	0.0527	-10.662	-13.549	-24.584
6	0.2858	-0.1414	0.0591	0.3219	-0.1319	0.6187	-0.0136	-0.0069	0.0023	-0.0535	0.0498	0.0364	0.0011	-0.0589	-0.0362	0.0218	-0.0125	0.0053	0.0538	0.0021	0.0371	-22.1	-1.675	-22.977
7	3.4799	2.2945	-2.7681	1.6678	-2.4928	5.0809	-0.1543	-0.1055	-0.1819	-0.0724	-0.0897	-0.1452	0.0127	0.1495	0.244	0.041	-0.0078	-0.0108	0.0205	-0.0086	0.0618	-6.414	11.785	-24.244
8	1.7451	0.5279	-0.0031	0.6601	-0.5452	0.6022	-0.0086	0.0131	0.0883	-0.0361	0.0042	0.0096	0.0182	-0.0076	0.0045	0.0444	-0.003	0.019	0.0464	0.0053	0.0282	-18.677	5.458	-31.044
9	0.3413	0.0007	0.3872	0.5312	-0.3379	0.6559	-0.0403	-0.0118	0.0342	0.0218	0.0206	0.0267	-0.0615	-0.0312	0.0198	0.0104	0.0157	0.0003	0.0634	-0.0132	0.0416	-20.126	11.294	-18.87
10	1.6524	-0.2086	-1.3918	0.1062	0.4776	2.3459	-0.0972	0.0492	0.0434	-0.03	0.0067	0.0183	-0.0904	-0.0127	0.0904	0.0484	-0.0049	-0.0151	0.0309	0.002	0.0668	-10.203	14.45	-32.975
11	0.6342	0.6713	-0.1427	1.9323	-1.02	0.7924	0.0258	-0.1728	0.0107	-0.0591	-0.0312	-0.0291	0.1232	-0.0562	0.0053	0.0504	-0.0149	0.0021	0.1027	-0.0024	0.013	11.784	17.781	-5.951
12	6.6481	0.5209	1.4296	1.1233	-0.7614	1.0128	0.06	0.0882	-0.0732	-0.0814	0.0582	0.1155	0.0801	-0.0176	-0.1182	0.0183	-0.0161	0.0016	0.0547	-0.0092	0.0514	6.41	17.193	-14.688
13	0.1857	-0.1872	-0.1031	0.2125	0.1712	0.8916	0.0227	-0.0232	0.0244	-0.0123	-0.0137	-0.0183	-0.0052	-0.0127	-0.009	0.0179	-0.0239	0.0201	0.0667	-0.0166	0.0393	14.681	28.136	-10.203
14	0.8213	0.3995	0.3678	0.5597	0.7223	0.9939	0.0308	0.0201	0.1247	-0.0683	-0.0157	0.0004	-0.109	-0.0408	-0.0151	0.0295	0.0086	0.0273	0.0349	0.0039	0.0521	11.827	35.237	-21.508
15	0.6151	-0.1346	-0.0708	0.6969	0.3416	0.6327	0.1027	0.0857	0.1489	-0.1282	-0.0312	-0.1985	-0.1889	0.1037	-0.0716	0.0837	-0.0297	0.0645	0.0546	0.0134	0.1048	25.044	31.6	-25.172
16	0.1993	-0.0815	-0.0474	0.3932	0.1608	0.7581	0.0042	-0.0109	-0.001	-0.0594	0.0318	-0.0772	0.006	0.0529	-0.036	0.0138	0.0039	0.0208	0.0482	-0.0044	0.0496	20.705	19.598	-21.742
17	2.9064	2.4632	4.1376	2.0885	3.4995	6.0148	-0.0795	-0.2299	0.2391	-0.0608	-0.2143	0.2034	-0.0017	-0.2802	0.2938	0.0849	0.0379	-0.009	0.0645	-0.0166	0.0715	7.615	9.855	-24.247
18	0.989	0.4612	-0.0318	0.5429	0.5474	0.9957	-0.0334	0.0684	-0.0895	-0.0326	0.0233	-0.0297	-0.0136	0.0265	0.0101	0.0305	0.0275	0.0206	0.0602	-0.0114	0.043	20.357	15.921	-30.356
19	1.194	0.0555	-0.3275	0.3893	0.2539	1.102	0.047	-0.006	-0.0386	0.0675	-0.0375	-0.0277	0.0979	0.087	-0.0095	0.0283	0.0203	0.0045	0.0523	0.0131	0.0474	20.729	10.493	-18.288
20	1.0563	0.5039	1.6746	1.1161	0.3554	2.883	-0.0061	0.0288	0.0306	0.0565	-0.0452	0.0243	-0.0164	0.0675	0.0513	0.0494	0.0006	0.0448	0.0492	-0.0166	0.0531	12.94	6.739	-31.86

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	80 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	142 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	158 - 201
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	202 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	209 - 228
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	229 - 249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	250 - 260
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	32 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	60 - 71
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	72 - 123
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	124 - 152
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	153 - 167
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	168 - 201
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	202 - 208
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	209 - 228
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	229 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	251 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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