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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fs5 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Z-DNA hexamer CGCGCG at 500 mM MgCl2 | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / Mg2+ binding | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | データ登録者 | Chatake, T. / Sunami, T. | 引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2013 | タイトル: Direct interactions between Z-DNA and alkaline earth cations, discovered in the presence of high concentrations of MgCl2 and CaCl2 著者: Chatake, T. / Sunami, T. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fs5.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fs5.ent.gz | 17.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fs5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4fs5_validation.pdf.gz | 383.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4fs5_full_validation.pdf.gz | 384 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4fs5_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4fs5_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/4fs5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: temperature control / pH: 7 詳細: 2.0mM DNA, 20mM Na cacodylate, 30% 2-methyl-2,4-pentainediol, 500mM MgCl2, pH 7.0, TEMPERATURE CONTROL, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→24.2 Å / Num. all: 6915 / Num. obs: 6868 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Num. unique all: 1006 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1IO5 解像度: 1.3→9.682 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7407 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 32.12 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 94.456 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 30.13 Å2 / Biso mean: 14.8432 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→9.682 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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