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- PDB-4frx: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK8 (OprE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4frx
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa OccK8 (OprE)
要素Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta-barrel (Βバレル) / transporter (porin) / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane / channel activity / porin activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin, bacterial / outer membrane porin, OprD family / ポリン (タンパク質) / Porin domain superfamily / ポリン (タンパク質) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Eren, E. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of OccK Subfamily Proteins
著者: Eren, E. / van den Berg, B.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
B: Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,91611
ポリマ－95,1582
非ポリマー2,7589
水10,341574
1
A: Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1116
ポリマ－47,5791
非ポリマー1,5325
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anaerobically-induced outer membrane porin OprE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8055
ポリマ－47,5791
非ポリマー1,2264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.386, 90.121, 103.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

HOH

21B-655-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Anaerobically-induced outer membrane porin OprE


分子量: 47579.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: oprE, PA0291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XDA5
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 400, 0.2M ammonium sulphate, 0.05M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 99602 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 4913 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SYS

3sys


解像度: 1.9→14.993 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1994 2.01 %
Rwork0.2133 --
obs0.214 99141 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.336 Å2 / ksol: 0.44 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1631 Å20 Å2-0.6708 Å2
2---1.1716 Å2-0 Å2
3---3.3347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6105 0 114 574 6793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1378605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4552261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94740.25051410.21866841X-RAY DIFFRACTION99
1.9474-20.25061330.2096904X-RAY DIFFRACTION99
2-2.05870.26011400.20816853X-RAY DIFFRACTION99
2.0587-2.12490.25041380.20186891X-RAY DIFFRACTION99
2.1249-2.20070.23831500.19846857X-RAY DIFFRACTION99
2.2007-2.28850.25471330.20276945X-RAY DIFFRACTION99
2.2885-2.39220.24981400.20986854X-RAY DIFFRACTION99
2.3922-2.51780.2781530.20596929X-RAY DIFFRACTION99
2.5178-2.67470.23461400.21916969X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.87990.2431390.20886979X-RAY DIFFRACTION100
2.8799-3.16720.25281460.21796979X-RAY DIFFRACTION100
3.1672-3.61990.21421490.20157024X-RAY DIFFRACTION100
3.6199-4.53960.24761420.20917019X-RAY DIFFRACTION100
4.5396-14.99310.25941500.24927103X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.2622 Å / Origin y: -6.8936 Å / Origin z: 74.2133 Å
111213212223313233
T0.0218 Å2-0.0204 Å20.0002 Å2-0.0233 Å2-0.0001 Å2--0.0269 Å2
L0.0093 °20.0109 °2-0.0027 °2-0.0231 °20.0192 °2--0.0183 °2
S-0.0169 Å °0.0054 Å °-0.0008 Å °-0.0029 Å °-0.002 Å °0.0011 Å °-0.0026 Å °0.0065 Å °-0.0199 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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