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万見
- PDB-4frn: Crystal structure of the cobalamin riboswitch regulatory element -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4frn
タイトルCrystal structure of the cobalamin riboswitch regulatory element
要素Cobalamin riboswitch aptamer domain
キーワードRNA / cobalamin / riboswitch / B12
機能・相同性: / Hydroxocobalamin / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Marine metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Reyes, F.E. / Johnson, J.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: B12 cofactors directly stabilize an mRNA regulatory switch.
著者: Johnson, J.E. / Reyes, F.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobalamin riboswitch aptamer domain
B: Cobalamin riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,16816
ポリマ－65,8292
非ポリマー4,33914
水00
1
A: Cobalamin riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0848
ポリマ－32,9151
非ポリマー2,1697
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cobalamin riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0848
ポリマ－32,9151
非ポリマー2,1697
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.605, 81.833, 147.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 Cobalamin riboswitch aptamer domain


分子量: 32914.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was transcribed via in vitro T7 RNA polymerase / 由来: (合成) Marine metagenome (メタゲノム)
#2: 化合物 ChemComp-I2A / Hydroxocobalamin


分子量: 1345.347 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H88CoN13O15P
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
配列の詳細THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN ...THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN SEQUENCING. THERE ARE SIX SUBSTITUTIONS TO THE ORIGINAL SEQUENCE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION: UACUUG TO CGAAAG(THIS REGION OCCURS RESIDUE NUMBER 46 TO 51 IN THE PDB).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% v/v MPD, 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 80 mM potassium chloride, 20 mM barium chloride, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.6 Å
検出器タイプ: ADSC 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.43→55.605 Å / Num. obs: 9466 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.512
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.43-3.623.50.2982.6465613320.29899.5
3.62-3.843.40.2343.3443412870.23499.3
3.84-4.13.40.1844.2415812100.18499.6
4.1-4.433.50.1385.7396311310.138100
4.43-4.853.50.1027.6364410540.10299.7
4.85-5.433.40.0799.632859570.07999.7
5.43-6.273.40.06112.428998580.06199.7
6.27-7.673.30.04415.423697240.04499.2
7.67-10.853.30.0319.619045730.0398.9
10.85-55.630.0226.310123400.0296.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20data processing
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FRG

4frg


解像度: 3.43→54.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 450 4.77 %RANDOM
Rwork0.251 ---
all0.252 9428 --
obs0.252 9428 99.01 %-
原子変位パラメータBiso max: 222.71 Å2 / Biso mean: 101.287 Å2 / Biso min: 52.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.257 Å20 Å20 Å2
2---0.019 Å20 Å2
3---24.276 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.854 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.43→54.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4364 196 0 4560
LS精密化 シェル解像度: 3.43→3.83 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 133 5.12 %
Rwork0.248 2465 -
all0.251 2598 -
obs--99.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48080.20961.19327.29772.76075.5264-0.06140.31620.0580.18730.1589-0.23020.08190.0227-0.09750.22990.0335-0.0334-0.29430.154-0.3063-12.012510.6524-32.4768
20.69280.22520.80563.73381.55187.65460.02340.03690.0242-0.01230.1403-0.22650.16140.0463-0.16370.15450.0595-0.0715-0.11820.1267-0.18614.305410.5036-66.8186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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