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- PDB-4fqe: KdgM porin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqe
タイトルKdgM porin
要素Oligogalacturonate-specific porin kdgM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel / porin / outer membrane protein / oligogalacturonate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


pectin metabolic process / oligosaccharide transport / voltage-gated monoatomic ion channel activity / porin activity / pore complex / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Oligogalacturonate-specific porin / Oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM) / monomeric porin ompg / : / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / Oligogalacturonate-specific porin KdgM
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Hutter, C. / Peneff, C.M. / Wirth, C. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the oligogalacturonate-specific KdgM porin.
著者: Hutter, C.A. / Lehner, R. / Wirth, C.h. / Condemine, G. / Peneff, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年7月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligogalacturonate-specific porin kdgM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4219
ポリマ－25,5461
非ポリマー1,8758
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.856, 59.674, 51.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Oligogalacturonate-specific porin kdgM


分子量: 25546.006 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 21-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dickeya dadantii (バクテリア) / 株: 3937 / 遺伝子: kdgM, Dda3937_03362 / プラスミド: pKSM717 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)omp8/pLys / 参照: UniProt: Q934G3
#2: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 22% MPD, 36mM digalacturonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
Reflection数: 61216
反射解像度: 1.93→49.36 Å / Num. obs: 16187 / % possible obs: 99.94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.4549
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.93-2.033.720.391.578662232999.93
2.03-2.163.770.310.798431223499.95
2.16-2.313.790.221.9879532101100
2.31-2.493.810.154.5374141946100
2.49-2.733.820.122.7268561796100
2.73-3.053.820.086.8362541639100
3.05-3.523.820.076.4454711433100
3.52-4.323.80.059.9346341221100
4.32-6.13.770.0317.983608957100
6.1-49.363.640.0318.76193353198.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16 2010/01/06データスケーリング
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wjq

2wjq


解像度: 1.93→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.628 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 790 4.9 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.215 16172 --
obs0.215 16172 96.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.7 Å2 / Biso mean: 33.024 Å2 / Biso min: 5.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å2-1.63 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1411 0 129 66 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9852109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77332936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7665174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35222.53279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36415249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.421513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
LS精密化 シェル解像度: 1.908→1.957 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 26 -
Rwork0.24 601 -
all-627 -
obs--52.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.09 Å / Origin y: 1.541 Å / Origin z: 2.228 Å
111213212223313233
T0.0777 Å2-0.0024 Å20.0956 Å2-0.0482 Å20.016 Å2--0.3302 Å2
L1.1447 °2-0.0172 °20.0837 °2-1.8565 °20.2144 °2--0.032 °2
S-0.0369 Å °-0.009 Å °0.0328 Å °0.0926 Å °0.0314 Å °0.0269 Å °0.0097 Å °0.0085 Å °0.0055 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 308
3X-RAY DIFFRACTION1A401 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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