PDB-4foz: Crystal Structure of OccD1 (OprD) Y282R/D307H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4foz

タイトル

Crystal Structure of OccD1 (OprD) Y282R/D307H

要素

Porin D

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / beta-barrel / basic amino acid/imipenem transport / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

basic amino acid transport / oligosaccharide transport / outer membrane / porin activity / pore complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / monoatomic ion transport / serine-type peptidase activity / cell outer membrane / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Eren, E. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Toward Understanding the Outer Membrane Uptake of Small Molecules by Pseudomonas aeruginosa.
著者: Eren, E. / Parkin, J. / Adelanwa, A. / Cheneke, B. / Movileanu, L. / Khalid, S. / van den Berg, B.

履歴

登録	2012年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4foz.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4foz.ent.gz	131 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4foz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4foz_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4foz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	4foz_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	4foz_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fmsC 3sy7 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y0h-d 2odj-1 3sy7-d 3t0s-d 4frx-1 3t24-2 3jty-3 7drq-2 3t24-1 3jty-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Porin D

ヘテロ分子

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.458, 104.764, 47.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Porin D / Imipenem/basic amino acid-specific outer membrane pore / Outer membrane protein D2 分子量: 46929.281 Da / 分子数: 1 / 断片: Porin D / 変異: Y282R, D307H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: oprD, PA0958 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P32722, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4 (Structure Screen 1/#44), pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 26471 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.19 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 17.96
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1376 / R_sym value: 0.716 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→14.964 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8486 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	1579	5 %
R_work	0.1971	-	-
obs	0.1993	26345	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.78 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.78 Å² / B_iso mean: 48.6325 Å² / B_iso min: 23.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.7839 Å²	-0 Å²	3.2612 Å²
2-	-	0.5615 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.3454 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2949	0	110	78	3137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3117
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	4174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.146	1127

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4003-2.496	0.3266	151	0.2641	2869	3020	97
2.496-2.609	0.2866	151	0.2352	2856	3007	98
2.609-2.7457	0.2775	149	0.208	2858	3007	98
2.7457-2.9166	0.2562	152	0.1899	2882	3034	98
2.9166-3.1399	0.2672	153	0.1854	2903	3056	98
3.1399-3.4523	0.2277	151	0.1876	2869	3020	98
3.4523-3.9439	0.2197	101	0.1896	1918	2019	65
3.9439-4.939	0.2202	153	0.1826	2889	3042	99
4.939-14.9641	0.2258	157	0.2078	2983	3140	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6606	1.8645	2.3455	1.0469	1.744	2.7069	-0.0308	-0.3735	-0.2035	-0.1687	0.0278	-0.1106	-0.2975	-0.1944	-0.0664	0.3041	0.0535	0.0206	0.3307	0.0326	0.2937	-54.1001	10.2339	11.4647
2	1.8623	0.5627	-0.3915	0.5893	-0.5578	1.6036	-0.0943	-0.1902	-0.1633	0.0837	0.1449	-0.1392	-0.0596	0.061	-0.0914	0.2922	-0.0068	-0.0221	0.3739	-0.0031	0.286	-56.3798	14.0971	-2.973
3	1.1314	-0.3073	0.3575	0.2586	-0.632	1.9704	-0.0359	0.0588	-0.1163	0.0229	0.0714	-0.0063	-0.0181	0.1231	-0.0288	0.242	-0.0252	0.0298	0.2079	-0.0507	0.2276	-36.8725	15.9492	-4.0706

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:108)	A	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 109:182)	A	109 - 182
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 183:420)	A	183 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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