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万見
- PDB-4fol: S-formylglutathione hydrolase Variant H160I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fol
タイトルS-formylglutathione hydrolase Variant H160I
要素S-formylglutathione hydrolase
キーワードHYDROLASE / D-type esterase / oxidation sensor motif / esterase activity activation / esterase activity inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione conjugation / S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-formylglutathione hydrolase / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-formylglutathione hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Legler, P.M. / Millard, C.B.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2012
タイトル: A role for His-160 in peroxide inhibition of S. cerevisiae S-formylglutathione hydrolase: Evidence for an oxidation sensitive motif.
著者: Legler, P.M. / Leary, D.H. / Hervey, W.J. / Millard, C.B.
履歴
登録2012年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-formylglutathione hydrolase
B: S-formylglutathione hydrolase
C: S-formylglutathione hydrolase
D: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8094
ポリマ－135,8094
非ポリマー00
水3,297183
1
A: S-formylglutathione hydrolase
B: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9042
ポリマ－67,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
2
C: S-formylglutathione hydrolase
D: S-formylglutathione hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9042
ポリマ－67,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.300, 119.740, 169.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
S-formylglutathione hydrolase / FGH


分子量: 33952.160 Da / 分子数: 4 / 変異: H160I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YJL068C, HRE299, J1102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40363, S-formylglutathione hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 25.5% PEG4000, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→69 Å / Num. all: 82975 / Num. obs: 75437 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.11 % / Rsym value: 0.2108 / Net I/σ(I): 5.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
SAINTデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PV1

1pv1


解像度: 2.07→61.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32674 3777 5 %RANDOM
Rwork0.28088 ---
obs0.28316 71543 90.9 %-
all-82975 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→61.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9060 0 0 183 9243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.029340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.93712666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49951116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31324.154455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.882151458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0891527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217287
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.123 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 164 -
Rwork0.415 2907 -
obs--51.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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