PDB-4foa: Crystal Structure of the Mtb ThyA in Complex with 5-fluoro-dUMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4foa

タイトル

Crystal Structure of the Mtb ThyA in Complex with 5-fluoro-dUMP

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / thymidylate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

dUMP catabolic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / response to antibiotic / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.253 Å

データ登録者

Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of binary and ternary complexes of thymidylate synthase (ThyA) from Mycobacterium tuberculosis: Insights into the selectivity and mode of inhibition
著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2012年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4foa.cif.gz	435.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4foa.ent.gz	356.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4foa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4foa_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4foa_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4foa_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	4foa_validation.cif.gz	64.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/4foa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fogC 4foxC 3qj7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fog-2 3bfi-1 1trg-1 1ffl-1 1jg0-d 1kzj-2 1f4d-d 4h0u-1 2vf0-d 1ev5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.796, 82.601, 125.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 29971.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT2834, MTV002.29c, Rv2764c, thyA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P67044, UniProt: P9WFR9*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂FN₂O₈P / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole 6.4, 5mM spermine, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97172 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97172 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 48.33 / 数: 294987 / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 2.46 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 63595 / % possible obs: 96

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.1	50	97.8	1	0.033	2.236	4.5
4.85	6.1	98.6	1	0.035	2.531	4.6
4.23	4.85	95.9	1	0.038	3.032	4.5
3.85	4.23	96.5	1	0.043	3.33	4.6
3.57	3.85	97.6	1	0.048	3.373	4.6
3.36	3.57	97.4	1	0.051	3.334	4.6
3.19	3.36	97.4	1	0.056	3.175	4.7
3.05	3.19	97.3	1	0.062	2.874	4.7
2.94	3.05	97.2	1	0.071	2.792	4.7
2.83	2.94	96.9	1	0.077	2.571	4.7
2.75	2.83	96.6	1	0.085	2.519	4.7
2.67	2.75	96.4	1	0.095	2.309	4.7
2.6	2.67	96.4	1	0.104	2.128	4.7
2.53	2.6	96.1	1	0.115	2.031	4.7
2.48	2.53	95.8	1	0.125	1.973	4.7
2.42	2.48	95.5	1	0.143	1.869	4.7
2.38	2.42	95.5	1	0.158	1.805	4.7
2.33	2.38	95.2	1	0.166	1.751	4.7
2.29	2.33	95.2	1	0.19	1.741	4.7
2.25	2.29	85.1	1	0.216	1.708	4.4

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 63595 / Num. obs: 63595 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Χ²: 2.461 / Net I/σ(I): 31.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.29	4.4	0.216	2814	1.708	1	85.1
2.29-2.33	4.7	0.19	3149	1.741	1	95.2
2.33-2.38	4.7	0.166	3126	1.751	1	95.2
2.38-2.42	4.7	0.158	3131	1.805	1	95.5
2.42-2.48	4.7	0.143	3125	1.869	1	95.5
2.48-2.53	4.7	0.125	3154	1.973	1	95.8
2.53-2.6	4.7	0.115	3186	2.031	1	96.1
2.6-2.67	4.7	0.104	3181	2.128	1	96.4
2.67-2.75	4.7	0.095	3168	2.309	1	96.4
2.75-2.83	4.7	0.085	3198	2.519	1	96.6
2.83-2.94	4.7	0.077	3210	2.571	1	96.9
2.94-3.05	4.7	0.071	3203	2.792	1	97.2
3.05-3.19	4.7	0.062	3198	2.874	1	97.3
3.19-3.36	4.7	0.056	3234	3.175	1	97.4
3.36-3.57	4.6	0.051	3232	3.334	1	97.4
3.57-3.85	4.6	0.048	3236	3.373	1	97.6
3.85-4.23	4.6	0.043	3192	3.33	1	96.5
4.23-4.85	4.5	0.038	3212	3.032	1	95.9
4.85-6.1	4.6	0.035	3290	2.531	1	98.6
6.1-50	4.5	0.033	3356	2.236	1	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QJ7

3qj7

解像度: 2.253→30.235 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.8518 / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2109	3234	5.09 %	random
R_work	0.1643	-	-	-
all	0.1667	63581	-	-
obs	0.1667	63581	96.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.569 Å² / k_sol: 0.305 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 163 Å² / B_iso mean: 41.7613 Å² / B_iso min: 14.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3353 Å²	0 Å²	-8.6785 Å²
2-	-	0.1437 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1916 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.253→30.235 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8285	0	80	620	8985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	11927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.935	3184

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.253-2.2865	0.2446	127	0.1906	2506	2633	92
2.2865-2.3222	0.2709	135	0.1941	2575	2710	95
2.3222-2.3603	0.2909	141	0.1953	2559	2700	95
2.3603-2.401	0.2541	153	0.1924	2566	2719	95
2.401-2.4446	0.2756	123	0.1939	2624	2747	96
2.4446-2.4916	0.246	132	0.1871	2590	2722	96
2.4916-2.5424	0.2506	124	0.1754	2594	2718	96
2.5424-2.5977	0.2221	130	0.1816	2614	2744	96
2.5977-2.6581	0.2479	158	0.1782	2596	2754	96
2.6581-2.7245	0.2536	143	0.1885	2614	2757	96
2.7245-2.7981	0.2474	136	0.1755	2622	2758	97
2.7981-2.8804	0.2532	150	0.1773	2604	2754	97
2.8804-2.9733	0.2173	141	0.1759	2633	2774	97
2.9733-3.0795	0.241	143	0.1769	2642	2785	97
3.0795-3.2026	0.2227	158	0.1699	2636	2794	97
3.2026-3.3482	0.2025	144	0.1678	2639	2783	97
3.3482-3.5245	0.2184	148	0.1617	2625	2773	97
3.5245-3.7449	0.2036	131	0.1646	2686	2817	98
3.7449-4.0335	0.2055	156	0.154	2640	2796	97
4.0335-4.4382	0.1702	139	0.1292	2618	2757	96
4.4382-5.0778	0.1413	120	0.1222	2671	2791	97
5.0778-6.3876	0.1872	161	0.1528	2715	2876	99
6.3876-30.2378	0.2029	141	0.1875	2778	2919	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5269	0.1532	0.0295	0.4067	0.5526	0.5527	0.1077	-0.1596	-0.0433	0.0844	-0.0763	-0.0899	0.0817	0.0307	-0.0512	0.1984	-0.0007	0.0068	0.0732	0.0149	0.1658	-2.3605	10.8783	43.3501
2	1.1353	0.2085	0.1917	0.3695	0.1272	1.3333	0.0432	0.0031	-0.1319	0.0258	-0.0639	0.084	0.032	-0.1721	0.0202	0.1976	-0.0018	0.0217	0.1717	-0.0047	0.2336	-24.6083	3.2621	28.4493
3	0.7711	-0.164	-0.0488	0.5501	0.1563	1.1973	-0.0071	0.0361	-0.115	-0.0639	-0.0181	0.0806	-0.0528	0.1608	0.0197	0.1994	-0.0096	-0.0192	0.2332	-0.0081	0.2125	42.5282	-2.3834	7.8224
4	2.1581	-0.0154	-1.538	0.701	0.5855	2.5188	0.0794	-0.5274	0.014	-0.1773	-0.1315	0.1693	-0.4761	0.2541	0.0437	0.1938	-0.0455	-0.039	0.2616	-0.0743	0.1509	33.0285	16.5063	25.6872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:260)	A	0 - 260
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 1:261)	B	1 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 1:260)	C	1 - 260
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 1:261)	D	1 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)