ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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d*TREK | 9.9Lデータ削減 | | PHASER | | 位相決定 | | PHENIX | 1.6.1_357精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | d*TREK | | データスケーリング | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4FN7 subunit A 解像度: 1.8→35.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.219 | 1077 | 5.17 % |
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Rwork | 0.187 | - | - |
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obs | 0.189 | 20850 | 98.2 % |
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all | - | 20850 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.7 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.83 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.9704 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.9704 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.9409 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.07 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1710 | 0 | 69 | 233 | 2012 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 1810 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.05 | 2461 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d16.533 | 685 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.07 | 281 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.016 | 313 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8-1.8819 | 0.3032 | 120 | 0.2504 | 2179 | X-RAY DIFFRACTION | 90 | 1.8819-1.9811 | 0.2536 | 128 | 0.2036 | 2409 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.9811-2.1053 | 0.2132 | 140 | 0.1875 | 2446 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 2.1053-2.2678 | 0.2579 | 124 | 0.1733 | 2480 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2678-2.4959 | 0.2236 | 163 | 0.168 | 2460 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4959-2.857 | 0.1962 | 144 | 0.1716 | 2502 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.857-3.5989 | 0.1936 | 123 | 0.1607 | 2572 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.5989-35.0748 | 0.1997 | 135 | 0.189 | 2725 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.0324 | -0.1163 | 0.023 | 0.78 | -0.0285 | 0.2465 | 0.0098 | 0.0445 | -0.0219 | 0.006 | 0.0019 | 0.2846 | -0.0248 | -0.138 | -0.0088 | 0.1164 | 0.0008 | -0 | 0.167 | 0.0073 | 0.2047 | -31.8027 | 2.4798 | 20.0045 | 2 | 0.1862 | -0.0466 | 0.0672 | 0.08 | -0.0947 | 0.1816 | -0.0095 | 0.0272 | -0.072 | -0.0763 | 0.0519 | 0.0436 | 0.0796 | -0.0194 | -0.0646 | 0.1768 | -0.0381 | -0.0048 | 0.1441 | -0.0049 | 0.1565 | -26.5318 | -10.9032 | 16.1126 | 3 | 0.0835 | 0.0713 | 0.0106 | 0.3319 | -0.2342 | 0.2208 | -0.0166 | 0.0052 | -0.0153 | 0.0439 | 0.0111 | -0.0427 | -0.0491 | 0.0217 | 0.0033 | 0.1165 | 0.0017 | -0.0036 | 0.1184 | -0.0061 | 0.1145 | -13.859 | -4.734 | 20.5254 | 4 | 0.4591 | 0.0822 | 0.0871 | 0.2496 | 0.0057 | 0.0224 | 0.0811 | -0.1368 | -0.0149 | 0.0914 | -0.0592 | 0.0549 | -0.0155 | -0.0606 | 0.0046 | 0.1643 | -0.005 | 0.0104 | 0.1428 | -0.0243 | 0.0827 | -20.8179 | 6.8614 | 33.7254 | 5 | 0.4004 | -0.0028 | 0.1618 | 0.0256 | -0.0403 | 0.1265 | -0.0451 | 0.0182 | 0.1417 | 0.0104 | 0.0456 | -0.0074 | -0.0904 | -0.0022 | 0.0436 | 0.1537 | 0.0108 | -0.0182 | 0.1584 | -0.0044 | 0.1537 | -14.7233 | 14.9924 | 15.3554 | 6 | 0.272 | -0.0179 | 0.0169 | 0.8382 | -0.0887 | 0.0189 | 0.0454 | 0.2798 | -0.0233 | -0.4017 | -0.0371 | -0.1491 | -0.0119 | -0.1046 | 0.0202 | 0.2149 | 0.0164 | 0.0118 | 0.2173 | -0.0325 | 0.1089 | -15.7573 | -6.7782 | 3.6374 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (chain A and resid 0:48)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (chain A and resid 49:81)3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | (chain A and resid 82:177)4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | (chain A and resid 178:193)5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | (chain A and resid 194:211)6 | X-RAY DIFFRACTION | 6 | (chain A and resid 212:231) | | | | | |
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