PDB-4fnb: Crystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase (Rv0632c) in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fnb

タイトル

Crystal structure of the Mtb enoyl CoA isomerase (Rv0632c) in complex with hydroxybutyrl CoA

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Mechanism of the Prokaryotic Enoyl CoA Isomerase
著者: Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Moran, S. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2012年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fnb.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fnb.ent.gz	80 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fn7S 4fn8 4fnd S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fn8-1 4fnd-1 4fn7-d 1k1e-2 3r6h-1 4di1-d 2f6q-d 1k1e-1 1szo-4 4nrd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: Rv0632c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.136, 70.136, 151.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- SO4
2	1	A-303- SO4
3	1	A-304- SO4
4	1	A-539- HOH
5	1	A-575- HOH
6	1	A-609- HOH
7	1	A-617- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL- ...Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE) 分子量: 24466.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: echA3, MT0660, Rv0632c / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-3HC / 3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / 3-HYDROXYBUTYRYL-COENZYME A / (S)-3-ヒドロキシブチリルコエンザイムA 分子量: 853.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₈P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.07 %

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 5.96 % / 数: 125417 / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 0.92 / D res high: 1.8 Å / D res low: 35.07 Å / Num. obs: 20872 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
3.88	35.07	99	0.033	0.69	6.86	189
3.08	3.88	100	0.043	0.71	7.2	46
2.69	3.08	100	0.063	0.79	7	67
2.44	2.69	100	0.088	0.88	6.96	73
2.27	2.44	99.9	0.115	0.95	6.89	126
2.13	2.27	99.7	0.146	1.04	6.82	168
2.03	2.13	99.5	0.201	1.17	6.88	169
1.94	2.03	99.2	0.248	1.16	4.77	81
1.86	1.94	96.6	0.299	1.16	3.2	18
1.8	1.86	88.2	0.351	1.17	2.24	5

反射

解像度: 1.8→35.07 Å / Num. all: 20872 / Num. obs: 20872 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.96 % / B_iso Wilson estimate: 20.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	2.24	0.351	2.2	1	88.2
1.86-1.94	3.2	0.299	3.1	1	96.6
1.94-2.03	4.77	0.248	4.2	1	99.2
2.03-2.13	6.88	0.201	6.1	1	99.5
2.13-2.27	6.82	0.146	8.1	1	99.7
2.27-2.44	6.89	0.115	9.6	1	99.9
2.44-2.69	6.96	0.088	12.4	1	100
2.69-3.08	7	0.063	17.2	1	100
3.08-3.88	7.2	0.043	25.2	1	100
3.88-35.07	6.86	0.033	31.1	1	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9L	データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FN7 subunit A

4fn7

解像度: 1.8→35.07 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	1077	5.17 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.189	20850	98.2 %
all	-	20850	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.7 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9704 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.9704 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9409 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1710	0	69	233	2012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1810
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.533	685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8819	0.3032	120	0.2504	2179	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8819-1.9811	0.2536	128	0.2036	2409	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9811-2.1053	0.2132	140	0.1875	2446	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1053-2.2678	0.2579	124	0.1733	2480	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.4959	0.2236	163	0.168	2460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4959-2.857	0.1962	144	0.1716	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.857-3.5989	0.1936	123	0.1607	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5989-35.0748	0.1997	135	0.189	2725	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0324	-0.1163	0.023	0.78	-0.0285	0.2465	0.0098	0.0445	-0.0219	0.006	0.0019	0.2846	-0.0248	-0.138	-0.0088	0.1164	0.0008	-0	0.167	0.0073	0.2047	-31.8027	2.4798	20.0045
2	0.1862	-0.0466	0.0672	0.08	-0.0947	0.1816	-0.0095	0.0272	-0.072	-0.0763	0.0519	0.0436	0.0796	-0.0194	-0.0646	0.1768	-0.0381	-0.0048	0.1441	-0.0049	0.1565	-26.5318	-10.9032	16.1126
3	0.0835	0.0713	0.0106	0.3319	-0.2342	0.2208	-0.0166	0.0052	-0.0153	0.0439	0.0111	-0.0427	-0.0491	0.0217	0.0033	0.1165	0.0017	-0.0036	0.1184	-0.0061	0.1145	-13.859	-4.734	20.5254
4	0.4591	0.0822	0.0871	0.2496	0.0057	0.0224	0.0811	-0.1368	-0.0149	0.0914	-0.0592	0.0549	-0.0155	-0.0606	0.0046	0.1643	-0.005	0.0104	0.1428	-0.0243	0.0827	-20.8179	6.8614	33.7254
5	0.4004	-0.0028	0.1618	0.0256	-0.0403	0.1265	-0.0451	0.0182	0.1417	0.0104	0.0456	-0.0074	-0.0904	-0.0022	0.0436	0.1537	0.0108	-0.0182	0.1584	-0.0044	0.1537	-14.7233	14.9924	15.3554
6	0.272	-0.0179	0.0169	0.8382	-0.0887	0.0189	0.0454	0.2798	-0.0233	-0.4017	-0.0371	-0.1491	-0.0119	-0.1046	0.0202	0.2149	0.0164	0.0118	0.2173	-0.0325	0.1089	-15.7573	-6.7782	3.6374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:48)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 49:81)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:177)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 178:193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:211)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 212:231)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)