PDB-4fn7: Apo Structure of the Mtb enoyol CoA isomerase (Rv0632c)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fn7

タイトル

Apo Structure of the Mtb enoyol CoA isomerase (Rv0632c)

要素

Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: "Crystal Structure and Mechanism of the Prokaryotic Enoyl-CoA Isomerase (ECI)"
著者: Bruning, J.B. / Gao, N. / Hernandez, E.D. / Li, H. / Dang, N. / Hung, L.W. / Moran, S. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2012年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fn7.cif.gz	305.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fn7.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/4fn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fn8 4fnb 4fnd
類似構造データ	3r6h-1 6c7c-d 4fn8-1 3hzs-1 4fnb-1 4qfe-3 2a7k-2 3l3s-1 2p2l-d 2a81-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: Rv0632c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein

ヘテロ分子

73.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.132, 68.681, 75.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.57, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein / Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL- ...Enoyl-coA hydratase homolog / PROBABLE ENOYL-CoA HYDRATASE ECHA3 (ENOYL HYDRASE) (UNSATURATED ACYL-CoA HYDRATASE) (CROTONASE) 分子量: 24379.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: echA3, MT0660, Rv0632c / プラスミド: pvp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P96907, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG3350, 0.1M MES 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月27日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.68 % / 数: 612793 / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.98 / D res high: 1.25 Å / D res low: 40.43 Å / Num. obs: 165230 / % possible obs: 96.3

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
2.69	40.43	99.2	0.025	0.77	3.78	733
2.14	2.69	98.6	0.04	0.74	3.55	420
1.87	2.14	97.8	0.061	0.8	3.61	684
1.7	1.87	97.3	0.097	0.86	3.68	394
1.57	1.7	96.5	0.136	0.93	3.69	346
1.48	1.57	96	0.184	1.01	3.69	358
1.41	1.48	95.3	0.266	1.11	3.71	396
1.35	1.41	94.8	0.34	1.15	3.71	414
1.29	1.35	94.3	0.406	1.19	3.7	385
1.25	1.29	93.6	0.463	1.23	3.68	466

反射

解像度: 1.25→40.43 Å / Num. all: 165230 / Num. obs: 165230 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.68 % / B_iso Wilson estimate: 13.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.25-1.29	3.68	0.463	2	1	93.6
1.29-1.35	3.7	0.406	2.3	1	94.3
1.35-1.41	3.71	0.34	2.7	1	94.8
1.41-1.48	3.71	0.266	3.5	1	95.3
1.48-1.57	3.69	0.184	4.9	1	96
1.57-1.7	3.69	0.136	6.4	1	96.5
1.7-1.87	3.68	0.097	8.5	1	97.3
1.87-2.14	3.61	0.061	13.6	1	97.8
2.14-2.69	3.55	0.04	19.8	1	98.6
2.69-40.43	3.78	0.025	34.5	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9L	データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→36.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	8331	5.04 %
R_work	0.149	-	-
obs	0.15	165205	96.3 %
all	-	165205	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 61.71 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1841 Å²	0 Å²	1.4986 Å²
2-	-	-3.0431 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.2272 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→36.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	1	1015	6069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	7173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.024	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	948

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.2642	0.4083	275	0.3935	5097	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2642-1.2791	0.402	281	0.3788	5041	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2791-1.2947	0.414	287	0.3729	5009	X-RAY DIFFRACTION	93
1.2947-1.3111	0.3787	266	0.35	5115	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3111-1.3283	0.3462	253	0.3224	5119	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3283-1.3465	0.3631	254	0.3144	5135	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3465-1.3658	0.3065	284	0.2746	5096	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3658-1.3861	0.3078	281	0.2658	5104	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3861-1.4078	0.3173	279	0.2414	5092	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4078-1.4309	0.2493	289	0.2036	5165	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4309-1.4556	0.2323	257	0.1885	5184	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4556-1.482	0.2296	294	0.1657	5138	X-RAY DIFFRACTION	96
1.482-1.5105	0.2117	305	0.151	5146	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5105-1.5414	0.1779	274	0.1329	5204	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5414-1.5749	0.1695	300	0.1247	5195	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5749-1.6115	0.1729	289	0.1155	5193	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6115-1.6518	0.1681	250	0.1136	5259	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6518-1.6965	0.16	249	0.1091	5262	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6965-1.7464	0.1538	258	0.1102	5309	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7464-1.8028	0.1508	267	0.1096	5286	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8028-1.8672	0.1431	291	0.1069	5270	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8672-1.9419	0.1525	260	0.1209	5317	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9419-2.0303	0.1673	288	0.1315	5303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0303-2.1374	0.1461	296	0.1303	5326	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1374-2.2712	0.1601	265	0.1256	5369	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2712-2.4466	0.1573	267	0.1219	5352	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4466-2.6927	0.1476	286	0.1247	5418	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6927-3.0822	0.1664	291	0.1329	5408	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0822-3.8825	0.1525	285	0.1267	5453	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8825-36.3482	0.1866	310	0.1593	5509	X-RAY DIFFRACTION	99

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