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- PDB-4fln: Crystal structure of plant protease Deg2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fln
タイトルCrystal structure of plant protease Deg2
要素
  • (Unknown peptide) x 2
  • Protease Do-like 2, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / protease / Deg / PDZ
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast stromal thylakoid / photosystem II repair / chloroplast organization / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / chloroplast / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity ...chloroplast stromal thylakoid / photosystem II repair / chloroplast organization / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / chloroplast / protein catabolic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ superfamily / Trypsin ...N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins - #20 / Protease Do-like, PDZ domain / Protease Do-like, PDZ domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ superfamily / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Alpha-Beta Barrel / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease Do-like 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gong, W. / Liu, L. / Sun, R. / Gao, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis deg2 protein reveals an internal PDZ ligand locking the hexameric resting state.
著者: Sun, R. / Fan, H. / Gao, F. / Lin, Y. / Zhang, L. / Gong, W. / Liu, L.
履歴
登録2012年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease Do-like 2, chloroplastic
B: Protease Do-like 2, chloroplastic
C: Protease Do-like 2, chloroplastic
D: Unknown peptide
E: Unknown peptide
F: Unknown peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,5656
ポリマ－181,5656
非ポリマー00
水3,207178
1
A: Protease Do-like 2, chloroplastic
B: Protease Do-like 2, chloroplastic
C: Protease Do-like 2, chloroplastic
D: Unknown peptide
E: Unknown peptide
F: Unknown peptide

A: Protease Do-like 2, chloroplastic
B: Protease Do-like 2, chloroplastic
C: Protease Do-like 2, chloroplastic
D: Unknown peptide
E: Unknown peptide
F: Unknown peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,13012
ポリマ－363,13012
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area29890 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area106610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.398, 188.165, 166.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protease Do-like 2, chloroplastic


分子量: 59598.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DEGP2, At2g47940, F17A22.33, T9J23.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O82261, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 459.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 1851.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN CHAINS D, E AND F IN THE STRUCTURE ARE CO-PURIFIED AND CO-CRYSTALLIZED PEPTIDES, WHICH ARE ...PROTEIN CHAINS D, E AND F IN THE STRUCTURE ARE CO-PURIFIED AND CO-CRYSTALLIZED PEPTIDES, WHICH ARE FROM THE HOST BACTERIAL STRAIN E.COLI BL21 (DE3). THE IDENTITY OF THE PEPTIDES IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 48456 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.742 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 2436 5.07 %
Rwork0.2034 --
obs0.2071 48066 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.376 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1009 Å20 Å2-0 Å2
2--2.3101 Å2-0 Å2
3----1.2093 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10699 0 0 178 10877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22414919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1513923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.85710.35121190.27932688X-RAY DIFFRACTION99
2.8571-2.91920.40461630.27862660X-RAY DIFFRACTION99
2.9192-2.9870.3881420.25922670X-RAY DIFFRACTION99
2.987-3.06170.34111180.25222702X-RAY DIFFRACTION100
3.0617-3.14440.33821540.24022651X-RAY DIFFRACTION99
3.1444-3.23680.32171540.2312673X-RAY DIFFRACTION100
3.2368-3.34110.27221450.22162664X-RAY DIFFRACTION99
3.3411-3.46040.29791440.21812664X-RAY DIFFRACTION100
3.4604-3.59870.31061560.21912680X-RAY DIFFRACTION100
3.5987-3.76220.27211330.20982701X-RAY DIFFRACTION100
3.7622-3.96010.31321360.19692694X-RAY DIFFRACTION100
3.9601-4.20760.22471280.17572727X-RAY DIFFRACTION100
4.2076-4.53140.20581350.1542697X-RAY DIFFRACTION99
4.5314-4.98550.23841460.15922670X-RAY DIFFRACTION98
4.9855-5.70250.25641470.2152725X-RAY DIFFRACTION99
5.7025-7.16790.30311550.212715X-RAY DIFFRACTION99
7.1679-29.74350.23531610.19882649X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.9814 Å / Origin y: 32.083 Å / Origin z: 35.0848 Å
111213212223313233
T0.2644 Å20.0066 Å20.0378 Å2-0.263 Å2-0.0011 Å2--0.2828 Å2
L0.4555 °2-0.0763 °2-0.0534 °2-0.1561 °2-0.037 °2--0.3929 °2
S-0.0225 Å °0.0141 Å °-0.2205 Å °-0.0048 Å °-0.0387 Å °-0.0192 Å °0.151 Å °0.0374 Å °0.0564 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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