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- PDB-4fk7: Crystal structure of Certhrax catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fk7
タイトルCrystal structure of Certhrax catalytic domain
要素Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / mono-ADP-ribosyltransferase / transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. ...Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P34 / Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Hong, B.S. / Dimov, S. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Certhrax Toxin, an Anthrax-related ADP-ribosyltransferase from Bacillus cereus.
著者: Visschedyk, D. / Rochon, A. / Tempel, W. / Dimov, S. / Park, H.W. / Merrill, A.R.
履歴
登録2012年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,21415
ポリマ－26,8831
非ポリマー33114
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.986, 71.832, 98.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT HAS NOT BEEN DETERMINED

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要素

#1: タンパク質 Putative ADP-ribosyltransferase Certhrax / Toxin Certhrax


分子量: 26883.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE GENE TEMPLATE WAS PROVIDED BY PROF. A. ROD MERRILL (UNIVERSITY OF GUELPH)
由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BCE_G9241_pBC218_0027 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4MV79, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-P34 / N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE / PJ-34


分子量: 295.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 12 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 2.9M ammonium sulfate, 0.1M bis-tris, pH 6.4, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
xds1001
11
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→35.92 Å / Num. obs: 21982 / % possible obs: 97.41 % / 冗長度: 7.05 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 60.2374
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.78-1.887.10.07213083003192.74
1.88-1.997.140.05210552947196.48
1.99-2.137.160.04200602803197.03
2.13-2.37.160.03188922638197.92
2.3-2.527.150.03174172435198.63
2.52-2.817.130.02160682254199.05
2.81-3.257.080.02141391997199.1
3.25-3.986.940.02120411735199.68
3.98-5.636.720.0291071355199.71
5.63-35.926.130.024993815198.97

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0027精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3BW8

3bw8


解像度: 1.78→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 2.004 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. COOT and the molprobity server were also used during refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 1117 5.092 %RANDOM
Rwork0.1706 ---
obs0.172 21935 97.212 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 58.15 Å2 / Biso mean: 13.293 Å2 / Biso min: 4.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.175 Å20 Å20 Å2
2--0.504 Å20 Å2
3----0.329 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 29 162 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.9672457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79433822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5975225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26525.37693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.30815325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.209156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.78-1.8260.218730.1841413161791.899
1.826-1.8760.201820.1611427160893.843
1.876-1.930.226880.161410151998.618
1.93-1.9890.173690.1581360152193.951
1.989-2.0540.22630.1681373145598.694
2.054-2.1260.199820.1551281143694.916
2.126-2.2060.194700.1621256133699.251
2.206-2.2950.242710.1681232135995.879
2.295-2.3970.19670.1631179124799.92
2.397-2.5130.199580.1751112120796.935
2.513-2.6480.202580.1741112118099.153
2.648-2.8070.222500.1781032109998.453
2.807-2.9990.203580.184970104398.562
2.999-3.2370.189440.1892297698.975
3.237-3.5410.167390.16487091199.78
3.541-3.9520.161360.16177781899.389
3.952-4.5510.196400.14869974599.195
4.551-5.5420.201300.1660163399.684
5.542-7.7070.345270.23647750699.605
7.707-300.311120.22831133097.879

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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