PDB-4fju: Crystal structure of ureidoglycolate dehydrogenase in ternary com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fju

タイトル

Crystal structure of ureidoglycolate dehydrogenase in ternary complex with NADH and glyoxylate

要素

Ureidoglycolate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALLD / NAD(P)H-DEPENDENT OXIDOREDUCTASE / UREIDE PATHWAY / UREIDOGLYCOLATE / OXALURATE / ANTIPARALLEL BETA-SHEET FOLD / UREIDOGLYCOLATE DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Hypothetical Oxidoreductase Yiak; Chain: A, domain 1 / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, four-helix barrel / Malate/L-lactate/L-sulpholactate dehydrogenase, NADPH binding domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.771 Å

データ登録者

Kim, M.I. / Rhee, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural and functional insights into (s)-ureidoglycolate dehydrogenase, a metabolic branch point enzyme in nitrogen utilization.
著者: Kim, M.I. / Shin, I. / Cho, S. / Lee, J. / Rhee, S.

履歴

登録	2012年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2018年2月14日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fju.cif.gz	155.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fju.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fju_validation.pdf.gz	941.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fju_full_validation.pdf.gz	958.7 KB	表示
XML形式データ	4fju_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	4fju_validation.cif.gz	50.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fjsC 4h8aC 3qgr PDB 未公開エントリS 4fjt PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gxl-2 4aou-d 6zy1-1 4h8a-d 4xgx-d 4fjs-d 3vnr-d 6gun-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ureidoglycolate dehydrogenase

B: Ureidoglycolate dehydrogenase

ヘテロ分子

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.756, 162.756, 61.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH
2	1	A-537- HOH
3	1	A-575- HOH
4	1	B-517- HOH
5	1	B-518- HOH
6	1	B-591- HOH
7	1	B-622- HOH
8	1	B-685- HOH
9	1	B-743- HOH
10	1	B-793- HOH

#1: タンパク質	Ureidoglycolate dehydrogenase 分子量: 38201.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH10B / 遺伝子: allD, ECDH10B_0473 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1XGB5, EC: 1.1.1.154
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 4.0M NACL, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2398
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月5日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 74082 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 46.7
反射シェル	解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
CNS		精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3QGR

3qgr
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.771→36.393 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	7080	2.49 %
R_work	0.2292	-	-
obs	0.2296	74082	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.941 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.112 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.112 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.224 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.771→36.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4949	0	93	707	5749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5158
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	7006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.61	1882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	764
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	919

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7714-1.8157	0.2813	140	0.2993	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8157-1.8648	0.3404	142	0.2918	5558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8648-1.9197	0.3516	141	0.2825	5510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9197-1.9816	0.3156	141	0.2629	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9816-2.0524	0.2746	141	0.2526	5541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0524-2.1346	0.2677	142	0.2382	5518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1346-2.2317	0.2668	140	0.2555	5491	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2317-2.3494	0.3003	136	0.2558	5466	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3494-2.4965	0.2634	142	0.2382	5541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4965-2.6892	0.2649	143	0.2418	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6892-2.9598	0.2354	144	0.2222	5619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9598-3.3878	0.262	142	0.2258	5634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3878-4.2672	0.215	145	0.1904	5650	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2672-36.401	0.1978	152	0.2119	5936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0408	-0.0025	0.0974	0.3015	-0.1353	0.2961	0.0806	0.0659	-0.109	0.0274	0.1012	-0.0352	0.1849	0.2058	0.4968	0.0959	0.1559	-0.0911	0.2005	-0.1059	0.193	52.4693	-28.6684	-14.7074
2	0.1315	0.0433	0.109	0.1045	0.0968	0.1335	-0.0273	0.0532	-0.0564	-0.0059	0.1041	-0.0671	-0.0238	0.1151	0.0462	0.0097	-0.0105	-0.0282	0.1014	-0.0576	0.076	48.3637	-12.0085	-13.6381
3	0.0423	0.0066	0.0667	0.0808	0.0269	0.1066	-0.0496	0.0155	0.0113	-0.0365	0.1234	-0.0451	-0.0008	0.2207	0.0128	0.1436	-0.0557	0.0267	0.4295	-0.073	0.1693	59.7575	-15.9267	-27.933
4	0.0012	-0.0003	0.0009	0.0007	0.0005	-0.0006	-0.0317	-0.033	0.0371	0.0441	0.0157	0.0634	-0.0561	-0.054	-0.0152	0.3918	0.2441	-0.1596	0.3329	-0.139	0.3456	14.7963	4.3607	-12.191
5	0.1269	0.0554	0.1056	0.0445	0.0218	0.1631	-0.0857	-0.0968	-0.0107	-0.0561	-0.005	-0.0043	-0.0766	-0.114	-0.1357	0.1224	0.0332	-0.0246	0.1227	-0.0106	0.1035	23.7678	-10.4301	-16.8229
6	0.1219	-0.0677	-0.0329	0.0729	-0.0297	0.0746	-0.0969	-0.0809	0.1	-0.0196	0.0242	0.0101	-0.0786	-0.0104	-0.066	0.2214	-0.056	-0.0739	0.1718	-0.0364	0.1782	36.8909	7.7133	-17.2109
7	0.1035	0.0177	0.0562	0.0342	0.0524	0.0842	-0.0574	-0.0743	0.0448	-0.0344	0.0323	0.0383	-0.0832	-0.0065	-0.0039	0.1347	0.0019	-0.0335	0.1092	-0.0143	0.095	33.9772	-4.9301	-12.1053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:129)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 130:291)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 292:338)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 4:58)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 59:164)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 165:210)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 211:315)

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	2	DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	5	NAI.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	6	GLV.PARAM

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