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Yorodumi- PDB-4h8a: Crystal structure of ureidoglycolate dehydrogenase in binary comp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h8a | ||||||
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Title | Crystal structure of ureidoglycolate dehydrogenase in binary complex with NADH | ||||||
Components | Ureidoglycolate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information ureidoglycolate dehydrogenase (NAD+) / ureidoglycolate dehydrogenase activity / allantoin assimilation pathway / purine nucleobase metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | ||||||
Authors | Rhee, S. / Shin, I. / Kim, M. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2012 Title: Structural and functional insights into (s)-ureidoglycolate dehydrogenase, a metabolic branch point enzyme in nitrogen utilization. Authors: Kim, M.I. / Shin, I. / Cho, S. / Lee, J. / Rhee, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4h8a.cif.gz | 155.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4h8a.ent.gz | 120.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4h8a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4h8a_validation.pdf.gz | 934.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4h8a_full_validation.pdf.gz | 952.7 KB | Display | |
Data in XML | 4h8a_validation.xml.gz | 34.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4h8a_validation.cif.gz | 51.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4fjsC 4fjuC 1xrhS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36818.754 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: allD, glxB8, ylbC, b0517, JW0505 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P77555, EC: 1.1.1.154 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 55.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES, pH 6.0, 4.0 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.97948 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 10, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Kozhu DCM Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97948 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.64→50 Å / Num. obs: 99377 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1XRH Resolution: 1.64→45.072 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.157 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.74 Å2 / Biso mean: 34.0994 Å2 / Biso min: 6.03 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→45.072 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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