PDB-4fj2: Crystal structure of the ternary complex between a fungal 17beta-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fj2

タイトル

Crystal structure of the ternary complex between a fungal 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase (Holo form) and biochanin A

要素

17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Short chain Dehydrogenase/Reductase / Rossmann Fold / Oxidoreductase / NADP(H) / oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cochliobolus lunatus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cassetta, A. / Lamba, D. / Krastanova, I.

引用

ジャーナル: J. Steroid Biochem. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for inhibition of 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenases by phytoestrogens: The case of fungal 17 beta-HSDcl.
著者: Cassetta, A. / Stojan, J. / Krastanova, I. / Kristan, K. / Brunskole Svegelj, M. / Lamba, D. / Rizner, T.L.

履歴

登録	2012年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fj2.cif.gz	415 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fj2.ent.gz	340.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/4fj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qwhC 4fj0C 4fj1C 3qwiS 3is3 3itd 3qwf 4fiz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qwi-2 3qwh-1 3qwf-4 4fj0-1 4fj0-2 4fj1-1 3qwf-3 6atd-1 6cqj-1 3is3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.430, 115.280, 69.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	A	A	11 - 270	11 - 270
2	1	TYR	TYR	B	B	11 - 270	11 - 270
1	2	PRO	PRO	A	A	13 - 269	13 - 269
2	2	PRO	PRO	C	C	13 - 269	13 - 269
1	3	TYR	TYR	A	A	11 - 269	11 - 269
2	3	TYR	TYR	D	D	11 - 269	11 - 269
1	4	PRO	PRO	B	B	13 - 269	13 - 269
2	4	PRO	PRO	C	C	13 - 269	13 - 269
1	5	TYR	TYR	B	B	11 - 269	11 - 269
2	5	TYR	TYR	D	D	11 - 269	11 - 269
1	6	PRO	PRO	C	C	13 - 269	13 - 269
2	6	PRO	PRO	D	D	13 - 269	13 - 269

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 分子量: 28936.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cochliobolus lunatus (菌類) / 株: m118 / 遺伝子: 17HSDcl / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O93874, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-QSO / 5,7-dihydroxy-3-(4-methoxyphenyl)-4H-chromen-4-one / Biochanin A / ビオカニンA 分子量: 284.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 5mM NADP, Crystals soaked for 24 hours in: 30% (W/V) PEG 2000 MME, 0.1M KCNS, 1mM NADP, 5% (V/V) DMSO, 2 mM biochanin A , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月16日 / 詳細: Platinum coated cylindrical mirror
放射	モノクロメーター: Si (1 1 1) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→35 Å / Num. all: 32695 / Num. obs: 32695 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.27 % / R_merge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.63 / Num. unique all: 1574 / % possible all: 50.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XRD1	beamline software	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3QWI

3qwi

解像度: 2.5→33.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 19.135 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20801	1352	5 %	RANDOM
R_work	0.16641	-	-	-
all	0.16853	25680	-	-
obs	0.16853	25680	81.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.64 Å²	0 Å²	-1.28 Å²
2-	-	2.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.278 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7843	0	254	197	8294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.973	11281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	3	13249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.661	5	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.711	23.707	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.533	15	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.602	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1748

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9006	0.07
1	2	B	9006	0.07
2	1	A	8920	0.07
2	2	C	8920	0.07
3	1	A	8897	0.07
3	2	D	8897	0.07
4	1	B	8985	0.08
4	2	C	8985	0.08
5	1	B	9015	0.09
5	2	D	9015	0.09
6	1	C	8843	0.08
6	2	D	8843	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	92	-
R_work	0.236	1733	-
obs	-	1733	76.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5865	-0.0344	0.751	1.2258	-0.1205	1.75	0.0237	-0.1497	-0.2702	0.0327	0.0145	-0.005	0.2625	-0.1676	-0.0382	0.1113	-0.0655	0.0097	0.0921	0.008	0.1401	-13.2199	-27.8604	20.7303
2	1.6309	0.4567	0.2071	1.0703	-0.5184	1.12	-0.0302	0.075	0.1342	-0.0789	0.0299	0.1041	-0.1248	-0.2103	0.0003	0.0737	0.0128	-0.0076	0.099	-0.0063	0.0923	-14.2943	-6.9792	-2.9333
3	1.2453	0.7386	-0.2996	0.9519	-0.1885	1.9267	-0.0107	-0.1795	0.108	0.1612	0.0185	0.0745	-0.1033	-0.132	-0.0078	0.0994	0.0234	-0.0045	0.0941	-0.0188	0.0723	6.5285	-8.0509	33.4427
4	0.9125	0.2507	0.1642	1.2401	-0.027	1.4093	-0.0277	0.1223	-0.0059	-0.1093	0.0314	-0.1603	0.0298	0.1138	-0.0037	0.0633	-0.0021	0.012	0.0387	-0.0048	0.0958	14.8862	-1.5706	3.8932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 270
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	302
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	302
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	303
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	13 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	302
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	10 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	302
14	X-RAY DIFFRACTION	4	C	303
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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