PDB-4fiw: X-ray crystal structure of Corynebacterium glutamicum Nrdh-redoxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fiw

タイトル

X-ray crystal structure of Corynebacterium glutamicum Nrdh-redoxin at 1.5A

要素

Putative glutaredoxin NrdH

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

cell redox homeostasis
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5011 Å

データ登録者

Messens, J. / Dufe, V.T. / Khadija, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: NrdH-redoxin of Mycobacterium tuberculosis and Corynebacterium glutamicum Dimerizes at High Protein Concentration and Exclusively Receives Electrons from Thioredoxin Reductase.
著者: Van Laer, K. / Dziewulska, A.M. / Fislage, M. / Wahni, K. / Hbeddou, A. / Collet, J.F. / Versees, W. / Mateos, L.M. / Tamu Dufe, V. / Messens, J.

履歴

登録	2012年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fiw.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fiw.ent.gz	31.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fiw_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fiw_full_validation.pdf.gz	443 KB	表示
XML形式データ	4fiw_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	4fiw_validation.cif.gz	7.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/4fiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1abaS 1h75S 1r74S 3ic4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ttn-d 2lvx-d 5nml-10 5wi2-1 4lwt-d 1itp-d 3a4r-2 1oq3-d 2igg-d 1mi0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative glutaredoxin NrdH

ヘテロ分子

8.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.770, 61.770, 77.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-226- HOH

#1: タンパク質	Putative glutaredoxin NrdH 分子量: 8439.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: nrdH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C6B5, EC: 1.20.4.3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12% glycerol, 0.1M Tris pH 8.5, 1.8M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.675 Å / Num. obs: 14472 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1R74, 1H75, 3IC4 and 1ABA

解像度: 1.5011→28.675 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2134	1447	10 %	Random
R_work	0.1908	-	-	-
obs	0.1931	14472	99.98 %	-
all	-	14242	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.012 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0664 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.0664 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.1328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5011→28.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	582	0	17	66	665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	631
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	858
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.288	223
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	99
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5011-1.5548	0.2241	140	0.1924	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5548-1.617	0.2371	142	0.189	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.617-1.6906	0.2191	140	0.1863	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6906-1.7797	0.2163	142	0.1824	1282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7797-1.8912	0.2111	142	0.1727	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8912-2.0372	0.1838	143	0.1717	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0372-2.2421	0.195	145	0.1734	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2421-2.5664	0.2151	146	0.1801	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5664-3.2327	0.2486	148	0.1888	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2327-28.6801	0.195	159	0.2012	1433	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4507	0.2992	0.044	0.7068	-1.1405	2.0654	-0.0316	-0.0308	-0.2671	0.0821	-0.0463	-0.0583	-0.0642	0.0333	0.0822	0.1076	0.0027	0.007	0.1166	-0.0012	0.1113	37.8377	30.5022	4.8213
2	0.8248	-0.1925	-0.1041	0.065	-0.0689	0.7096	-0.1187	0.1801	-0.3158	-0.0109	0.091	0.0339	0.2094	0.0217	0.0102	0.1463	0.0094	0.0072	0.1749	-0.0485	0.2091	37.0264	26.5302	-0.0619
3	1.9889	1.8049	-0.9979	1.7709	-0.8074	1.9172	0.0463	0.0989	-0.0534	0.0415	0.014	-0.0984	-0.1617	0.0143	-0.0631	0.0911	-0.0068	0.0178	0.0938	-0.0058	0.088	40.2423	38.0693	0.0298
4	6.9676	5.5829	6.0948	4.5854	5.0732	5.6936	-0.0341	-0.1121	-0.0361	-0.2532	-0.0433	0.4311	0.0451	-0.134	0.0984	0.2347	-0.0161	-0.0058	0.3021	-0.0031	0.2765	24.0976	30.0704	-6.7662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 18:36)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 37:68)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 69:77)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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