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万見
- PDB-4fhq: Crystal Structure of HVEM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fhq
タイトルCrystal Structure of HVEM
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / CYSTEINE RICH DOMAIN / TNF RECEPTOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN / TNFRSF / Cysteine Rich Domains / Receptor / TNF14 / BTLA / CD160 / gD of HSV / Membrane / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation ...negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / virus receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Liu, W. / Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Bhosle, R.C. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Mol Biotechnol / 年: 2015
タイトル: Increased Heterologous Protein Expression in Drosophila S2 Cells for Massive Production of Immune Ligands/Receptors and Structural Analysis of Human HVEM.
著者: Liu, W. / Vigdorovich, V. / Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Structure summary
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32015年9月16日Group: Database references
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3321
ポリマ－14,3321
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.736, 94.736, 77.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: NOT DETERMINED

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 / Herpes virus entry mediator A / Herpesvirus entry mediator A / HveA / Tumor necrosis factor ...Herpes virus entry mediator A / Herpesvirus entry mediator A / HveA / Tumor necrosis factor receptor-like 2 / TR2


分子量: 14332.176 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain residues 39-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVEA, HVEM, TNFRSF14, UNQ329/PRO509 / プラスミド: pMT-Bip-His / Cell (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q92956
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 8.5, TRIS-HCL, 30% W/V PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 8551 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 54.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.68
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.062 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AW2

2aw2


解像度: 2.251→33.494 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.13 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2925 252 2.95 %random
Rwork0.2792 ---
obs0.2796 8548 99.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.537 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.1744 Å2-0 Å20 Å2
2---8.1744 Å20 Å2
3---16.3488 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→33.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数733 0 0 2 735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0571011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.506280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2511-2.83590.42521280.37864029X-RAY DIFFRACTION98
2.8359-33.49790.26121240.25834267X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28462.2781-0.61812.9370.64380.4666-0.57871.13690.43510.11690.078-0.2568-0.0885-0.0550.30080.5071-0.1899-0.14210.64260.34590.824-22.701731.97059.5934
23.6517-0.90622.24364.6096-3.25034.44270.04630.89150.4248-0.17080.3873-0.57420.43750.1134-0.18980.47350.067-0.55040.47680.10211.17431.701929.170620.7558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:84)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 85:103)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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