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- PDB-4fho: Crystal structure of an internalin C2 (inlC2) from Listeria monoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fho
タイトルCrystal structure of an internalin C2 (inlC2) from Listeria monocytogenes str. 4b F2365 at 1.90 A resolution
要素Internalin C2
キーワードCELL ADHESION/CELL INVASION / leucine rich repeat / N domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / CELL ADHESION-CELL INVASION complex
機能・相同性Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an internalin C2 (inlC2) from Listeria monocytogenes str. 4b F2365 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin C2
B: Internalin C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0433
ポリマ－48,9472
非ポリマー961
水2,576143
1
A: Internalin C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5702
ポリマ－24,4741
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Internalin C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4741
ポリマ－24,4741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.795, 115.795, 76.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Internalin C2


分子量: 24473.674 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-260 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)
株: F2365 / 遺伝子: inlC2, LMOf2365_0281 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q724E3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 31-260 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.00M ammonium sulfate, 0.1M tris hydrochloride pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.98086
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98086 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.036 Å / Num. all: 42655 / Num. obs: 42655 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 37.526 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-24.30.4971.42736163170.49793.9
2-2.1260.3781.83590759790.37894.1
2.12-2.276.10.2742.43435556390.27493.5
2.27-2.456.10.2132.93167751690.21393.1
2.45-2.696.20.1643.72956847630.16492.2
2.69-36.20.1214.72661842620.12191.6
3-3.476.30.0866.22365637390.08690.6
3.47-4.256.40.0668.21999431320.06689.6
4.25-6.016.40.05210.41554924110.05288.3
6.01-61.0366.30.04213.9782912440.04281.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H6U

1h6u


解像度: 1.9→61.036 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 9.802 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. SULFATE ION (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 2136 5.1 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1948 42189 91.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.27 Å2 / Biso mean: 71.8076 Å2 / Biso min: 43.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.62 Å2-0.81 Å20 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→61.036 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3375 0 5 143 3523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6222.0034750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.50335380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9675465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg49.80828.594128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72615599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.341152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02500
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 148 -
Rwork0.335 2825 -
all-2973 -
obs--89.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5799-0.2478-0.63733.6141-0.27681.33810.1502-0.4820.57860.46160.2383-0.1190.03550.2075-0.38850.1598-0.01090.08210.1768-0.17750.2832-14.62243.4480.078
22.5790.4114-0.60873.6323-0.75541.00040.08610.54560.4-0.60650.31170.48930.1861-0.1296-0.39780.1961-0.0251-0.09490.23180.17250.2356-26.86437.326-24.545
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 260
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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