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万見
- PDB-4fgl: Reduced quinone reductase 2 in complex with chloroquine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgl
タイトルReduced quinone reductase 2 in complex with chloroquine
要素Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / chloroquine / FMN reductase superfamily (conserved domain database) / metallo-flavoprotein / Rossmann fold / two-electron reduction of quinones to hydroquinones / FAD binding / Zn binding / cytosol / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CLQ / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Leung, K.K. / Shilton, B.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of quinone reductase 2 bound to antimalarial drugs reveal conformational change upon reduction
著者: Leung, K.K. / Shilton, B.H.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
C: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
D: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,43817
ポリマ－104,4354
非ポリマー5,00313
水19,3121072
1
A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5598
ポリマ－52,2172
非ポリマー2,3426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PISA
2
C: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
D: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8799
ポリマ－52,2172
非ポリマー2,6627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.310, 105.710, 82.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2


分子量: 26108.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMOR2, NQO2 / プラスミド: pProNQO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16083, EC: 1.10.99.2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CLQ / N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE / CHLOROQUINE / (R)-クロロキン


分子量: 319.872 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26ClN3 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1072 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CONFLICT BETWEEN RESIDUE F46 IN THE COORDINATES AND L47, FROM THE ...AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CONFLICT BETWEEN RESIDUE F46 IN THE COORDINATES AND L47, FROM THE UNP P16083, ARISES FROM AN INCORRECT ANNOTATION IN THE UNP ENTRY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.7M Ammonium sulfate, 0.1M Hepes , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: 9CCD, 9 tiled fiber-optic tapers
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→48.307 Å / Num. all: 287744 / Num. obs: 287298 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.543 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 19.34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsRsym value% possible all
1.2-1.233.590.2884.367626421233212330.33999.9
1.23-1.263.610.2425.117473420689206890.28599.9
1.26-1.33.640.2065.927300820072200720.24399.9
1.3-1.343.660.1826.817133619509195090.21399.9
1.34-1.393.670.1577.846974318978189780.18499.9
1.39-1.433.680.1359.116750118318183180.15899.9
1.43-1.493.710.10811.326562917707177070.12699.9
1.49-1.553.720.08614.046328117002170020.10199.9
1.55-1.623.730.07216.966081616304163040.08499.9
1.62-1.73.740.06119.855852315656156560.07199.9
1.7-1.793.740.05123.45526814790147900.0699.7
1.79-1.93.730.04227.375242914048140480.0599.8
1.9-2.033.720.03533.044918613216132160.04199.8
2.03-2.193.70.0337.514547212281122810.03599.8
2.19-2.43.70.02840.74191411323113230.03399.7
2.4-2.683.710.02742.573786810203102030.03199.8
2.68-3.13.70.02545.1533541905490540.02999.8
3.1-3.793.710.02348.5528411766276620.02799.7
3.79-5.373.720.02150.1122128595359530.02599.9
5.37-48.3073.680.02449.5512137330033000.02899.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.4 Å48.31 Å
Translation1.4 Å48.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QR2

1qr2


解像度: 1.2→48.307 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.9283 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 14365 5 %RANDOM, 5%
Rwork0.1588 ---
obs0.1596 287298 99.84 %-
all-287744 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.195 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 66.45 Å2 / Biso mean: 12.8001 Å2 / Biso min: 3.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4307 Å2-0 Å20.1275 Å2
2---1.1656 Å20 Å2
3----0.2651 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→48.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7313 0 326 1072 8711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31110796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9882802
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
1.1999-1.21360.19594790.2054910095799100
1.2136-1.22780.20564760.1997904995259049
1.2278-1.24280.20674760.193903995159039
1.2428-1.25850.20424790.1902911295919112
1.2585-1.27510.20384770.1869905995369059
1.2751-1.29260.20364790.1839909695759096
1.2926-1.3110.19424750.1805903895139038
1.311-1.33060.1864800.1743910995899109
1.3306-1.35140.19194780.1726908995679089
1.3514-1.37360.20284760.1726903895149038
1.3736-1.39720.19454790.1674910595849105
1.3972-1.42270.19554790.1657910395829103
1.4227-1.450.18164780.1586908495629084
1.45-1.47960.18074770.156905095279050
1.4796-1.51180.16664820.1516916296449162
1.5118-1.5470.16554770.1449907295499072
1.547-1.58570.16224790.1464910195809101
1.5857-1.62850.15044780.1463907595539075
1.6285-1.67640.17194790.1457911095899110
1.6764-1.73060.16234770.1448906195389061
1.7306-1.79240.16734790.1443909695759096
1.7924-1.86420.1624790.1465910995889109
1.8642-1.9490.16284800.1475911795979117
1.949-2.05180.1544790.1485909295719092
2.0518-2.18030.16694790.1487909795769097
2.1803-2.34870.16134800.1442912696069126
2.3487-2.5850.15924790.1491910495839104
2.585-2.9590.184800.1633912096009120
2.959-3.72790.17834810.1607914396249143
3.7279-48.34650.1694890.1664927797669277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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