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万見
- PDB-4fg4: Crystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fg4
タイトルCrystal structure of Bacillus Subtilis expansin (EXLX1) in complex with hemithiocellodextrin
要素Expansin-yoaJ
キーワードCELLULOSE-BINDING PROTEIN / CELLULOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Lytic transglycolase / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Immunoglobulin-like ...: / : / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Lytic transglycolase / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
hemithiocellodextrin / Expansin-YoaJ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for entropy-driven cellulose binding by a type-A cellulose-binding module (CBM) and bacterial expansin.
著者: Georgelis, N. / Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.
履歴
登録2012年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Expansin-yoaJ
B: Expansin-yoaJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0703
ポリマ－46,1932
非ポリマー8771
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.039, 58.039, 146.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Expansin-yoaJ / EXLX1


分子量: 23096.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yoaJ, BSU18630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O34918
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-1-thio-beta-D-glucopyranose / hemithiocellodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 876.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: hemithiocellodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_1*S][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1*S*_c4-d1_d4-e1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1SH]{[(4+1)][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM hemithiocellodextrin. Precipitant was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: EXLX1 was concentrated to 30 mg/ml in 25 mM HEPES pH 7.5 in the presence of 5 mM hemithiocellodextrin. Precipitant was 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 14815 / Num. obs: 14815 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.7-2.75198.7
2.97-3.04199
2.91-2.97199
2.85-2.91199.4
2.8-2.85198.9
2.75-2.8198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.701→23.777 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 748 5.05 %random
Rwork0.1878 ---
obs0.191 14805 97.57 %-
all-14815 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.4796 Å20 Å20 Å2
2--11.4796 Å2-0 Å2
3---9.7385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→23.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 56 127 3417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1954579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6651230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7011-2.90930.40691640.28552883X-RAY DIFFRACTION99
2.9093-3.20150.28091640.21422814X-RAY DIFFRACTION99
3.2015-3.66330.24871490.1782865X-RAY DIFFRACTION99
3.6633-4.60990.19451440.15792781X-RAY DIFFRACTION98
4.6099-23.77750.23761270.17582714X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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