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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ffk
タイトルX-ray structure of iron superoxide dismutase from Acidilobus saccharovorans
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE ACCEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidilobus saccharovorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Safonova, T.N. / Slutskaya, E.S. / Dorovatovsky, P.V. / Bezsudnova, E.Yu. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Popov, V.O. / Polyakov, K.M.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray structure of iron superoxide dismutase from Acidilobus saccharovorans
著者: Safonova, T.N. / Slutskaya, E.S. / Dorovatovsky, P.V. / Bezsudnova, E.Yu. / Mardanov, A.V. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Popov, V.O. / Polyakov, K.M.
履歴
登録2012年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / software
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4482
ポリマ－25,3921
非ポリマー561
水2,162120
1
A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7908
ポリマ－101,5674
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area16230 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.440, 99.440, 81.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-414-

HOH

21A-437-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 25391.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gene Asac_0498 encoding the superoxide dismutase was cloned into the expression vector pQE80L (Qiagen) at BamHI/SalI sites.
由来: (組換発現) Acidilobus saccharovorans (古細菌)
株: DSM 16705 / VKM B-2471 / 345-15 / 遺伝子: ASAC_0498 / プラスミド: plasmid name pQE80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami (DE3) / 参照: UniProt: D9Q0R7, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 2.0 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.9715 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日 / 詳細: graphite mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→86.12 Å / Num. all: 23958 / Num. obs: 23958 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.003 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 44.02
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 14514 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
BALBES位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EVK

3evk


解像度: 1.76→86.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.715 / SU ML: 0.087 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1225 5.1 %RANDOM
Rwork0.19971 ---
obs0.20169 22733 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.181 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→86.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 1 120 1828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8691.9462413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1535214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31923.97788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63715285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.323159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1231.51060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77121703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4613710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4794.5708
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 83 -
Rwork0.264 1634 -
obs--98.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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