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万見
- PDB-4ff8: Inhibitor bound structure of the kinase domain of the murine rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ff8
タイトルInhibitor bound structure of the kinase domain of the murine receptor tyrosine kinase TYRO3 (Sky)
要素Tyrosine-protein kinase receptor TYRO3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Receptor Protein Tyrosine Kinase / Phosphotransferase / Gas6 (ligand) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain cell migration / lymphocyte activation / negative regulation of lymphocyte activation / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of viral life cycle / apoptotic cell clearance / ovulation cycle / vagina development ...forebrain cell migration / lymphocyte activation / negative regulation of lymphocyte activation / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of viral life cycle / apoptotic cell clearance / ovulation cycle / vagina development / neuropeptide signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of innate immune response / establishment of localization in cell / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / negative regulation of inflammatory response / platelet aggregation / neuron cellular homeostasis / neuron migration / nuclear envelope / virus receptor activity / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / neuron apoptotic process / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-14S / Tyrosine-protein kinase receptor TYRO3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ohren, J.F. / Powell, N.A. / Kohrt, J. / Perrin, L.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Highly selective 2,4-diaminopyrimidine-5-carboxamide inhibitors of Sky kinase.
著者: Powell, N.A. / Hoffman, J.K. / Ciske, F.L. / Kaufman, M.D. / Kohrt, J.T. / Quin, J. / Sheehan, D.J. / Delaney, A. / Baxi, S.M. / Catana, C. / McConnell, P. / Ohren, J. / Perrin, L.A. / Edmunds, J.J.
履歴
登録2012年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase receptor TYRO3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2382
ポリマ－36,7711
非ポリマー4671
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.522, 57.245, 60.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase receptor TYRO3 / Etk2/tyro3 / TK19-2 / Tyrosine-protein kinase DTK / Tyrosine-protein kinase RSE


分子量: 36771.449 Da / 分子数: 1 / 変異: kinase domain (UNP Residues 485-800) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyro3, Dtk, Rse
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P55144, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-14S / 4-(cyclopentylamino)-2-[(2-methoxybenzyl)amino]-N-[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 466.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 17% PEG 3350, 0.1M magnesium nitrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 15860 / Num. obs: 13687 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / % possible all: 26.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 7.735 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32412 607 5 %RANDOM
Rwork0.27664 ---
obs0.27901 11640 95.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.809 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å2-0.32 Å2
2---1.55 Å2-0 Å2
3---2.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1363 0 34 3 1400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.9511884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78933052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2465164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56423.43864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.20815240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.049159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.51264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80821943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9473863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3984.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 25 -
Rwork0.251 639 -
obs--73.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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