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万見
- PDB-4fe3: Structure of murine cytosolic 5'-nucleotidase III complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fe3
タイトルStructure of murine cytosolic 5'-nucleotidase III complexed with uridinine monophosphate
要素Cytosolic 5'-nucleotidase 3
キーワードPROTEIN BINDING / SUBSTRATE COMPLEX / HAD-like / NUCLEOTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / UMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase ...Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / dCMP catabolic process / UMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / transferase activity / nuclear body / nucleotide binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Cytosolic 5'-nucleotidase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Bitto, E. / Bingman, C.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity and Selectivity of Murine Cytosolic 5'-Nucleotidase III.
著者: Grobosky, C.L. / Lopez, J.B. / Rennie, S. / Skopelitis, D.J. / Wiest, A.T. / Bingman, C.A. / Bitto, E.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic 5'-nucleotidase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3606
ポリマ－33,8321
非ポリマー5285
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.878, 46.878, 287.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-733-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosolic 5'-nucleotidase 3 / Cytosolic 5'-nucleotidase III / cN-III / Lupin / Pyrimidine 5'-nucleotidase 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I


分子量: 33831.902 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 42-327 / 変異: D51N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nt5c3, Nt5c3_predicted, rCG_52382 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9D020, 5'-nucleotidase

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非ポリマー , 5種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE ISOFORM I OF CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE 3: UNP ENTRY Q9D020-1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM TRIS, 50 mM ammonium acetate , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月18日
放射モノクロメーター: Kohzu Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. all: 33980 / Num. obs: 607246 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 32.17
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1581 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 97.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å32.3 Å
Translation3 Å32.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BDU

2bdu


解像度: 1.74→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2238 / WRfactor Rwork: 0.1753 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8851 / SU B: 1.928 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1075 / SU Rfree: 0.1129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 1710 5.1 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
all0.1717 33980 --
obs0.1717 33814 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.55 Å2 / Biso mean: 25.2494 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.113 Å / Luzzati sigma a free: 0.107 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 31 335 2692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.9833255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8265298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.625.405111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.52415457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.025159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021775
LS精密化 シェル解像度: 1.739→1.784 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 104 -
Rwork0.286 2025 -
all-2129 -
obs-1581 96.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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