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万見
- PDB-4fd9: Crystal structure of the third beta-gamma-crystallin domain of Cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fd9
タイトルCrystal structure of the third beta-gamma-crystallin domain of Crybg3 (betagamma-crystallin domain-containing protein 3) from Mus musculus
要素Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Non-lens vertebrate beta-gamma-crystallin / Brain
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / protein kinase A binding / visual perception / carbohydrate binding / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. ...Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Aravind, P. / Srivastava, S.S. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Aggregation-prone near-native intermediate formation during unfolding of a structurally similar nonlenticular beta/gamma-crystallin domain
著者: Rajanikanth, V. / Srivastava, S.S. / Singh, A.K. / Rajyalakshmi, M. / Chandra, K. / Aravind, P. / Sankaranarayanan, R. / Sharma, Y.
履歴
登録2012年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3
B: Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8702
ポリマ－20,8702
非ポリマー00
水3,783210
1
A: Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4351
ポリマ－10,4351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4351
ポリマ－10,4351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.261, 58.808, 40.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta/gamma crystallin domain-containing protein 3


分子量: 10434.805 Da / 分子数: 2 / 断片: beta-gamma-crystallin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 組織: Brain / 遺伝子: Crybg3 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q80W49
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-25% PEG 4K, 0.1M Na Hepes, 10% isopropanol , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.606
11-H, -K, H+L20.394
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 13629 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.037
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique all: 1167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.86→22.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.774 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17904 673 4.9 %RANDOM
Rwork0.13631 ---
obs0.1385 12940 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å21.43 Å2
2--8.4 Å20 Å2
3----6.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→22.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1472 0 0 210 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9392032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4845182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26224.32474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16715260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.106154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211156
LS精密化 シェル解像度: 1.865→1.913 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 45 -
Rwork0.239 844 -
obs--92.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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