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- PDB-4fc6: Studies on DCR shed new light on peroxisomal beta-oxidation: Crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fc6
タイトルStudies on DCR shed new light on peroxisomal beta-oxidation: Crystal structure of the ternary complex of pDCR
要素Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SDR/Rossmann fold / peroxisomal beta-oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH) activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase / unsaturated fatty acid biosynthetic process / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / peroxisomal membrane / fatty acid metabolic process / Peroxisomal protein import / peroxisome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / PKS_KR / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANOYL-COENZYME A / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hua, T. / Wu, D. / Wang, J. / Shaw, N. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Studies of human 2,4-dienoyl CoA reductase shed new light on peroxisomal beta-oxidation of unsaturated fatty acids
著者: Hua, T. / Wu, D. / Ding, W. / Wang, J. / Shaw, N. / Liu, Z.J.
履歴
登録2012年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase
B: Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase
C: Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase
D: Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,31112
ポリマ－116,8754
非ポリマー6,4368
水14,034779
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25170 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.038, 95.114, 133.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Peroxisomal 2,4-dienoyl-CoA reductase / pDCR / 2 / 4-dienoyl-CoA reductase 2


分子量: 29218.637 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-278 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DECR2, PDCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUI1, 2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing]
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA


分子量: 865.677 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O17P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES (pH 6.0) and 8% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 62674 / Num. obs: 60105 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→41.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 0.001 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21529 3196 5 %RANDOM
Rwork0.15586 ---
all0.159 62674 --
obs0.15883 60102 95.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8142 0 412 779 9333
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 190 -
Rwork0.179 3444 -
obs--75.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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