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- PDB-4fc3: Crystal Structure of Human Methaemoglobin Complexed with the Seco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fc3
タイトルCrystal Structure of Human Methaemoglobin Complexed with the Second NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
  • Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードOXYGEN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / Globin Fold / Ig Fold / Oxygen Transport / Haem acquisition / Oxygen Binding / Haem binding / cell wall / OXYGEN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / regulation of blood pressure / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : ...Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK Gram-positive signal peptide / : / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Krishna Kumar, K. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Hemoglobin-IsdH Complex Reveals the Molecular Basis of Iron Capture by Staphylococcus aureus
著者: Dickson, C.F. / Krishna Kumar, K. / Jacques, D.A. / Malmirchegini, G.R. / Spirig, T. / Mackay, J.P. / Clubb, R.T. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
履歴
登録2012年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
E: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0825
ポリマ－49,8493
非ポリマー1,2332
水54030
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
E: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
E: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,16510
ポリマ－99,6996
非ポリマー2,4664
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)67.041, 149.581, 86.265
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain / LVV-hemorphin-7


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein H / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 18808.891 Da / 分子数: 1 / Fragment: Second NEAT domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MW2 / 遺伝子: isdH / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NW39
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / Mosaicity: 1.144 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium formate, 0.1M bis-tris propane, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 19451 / Num. obs: 19451 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.26-2.33.50.5739841.2197
2.3-2.343.80.499971.114197.1
2.34-2.393.80.459651.137196.8
2.39-2.433.70.4859881.267197.7
2.43-2.493.80.36910031.065197.3
2.49-2.553.90.3539731.111196.5
2.55-2.613.90.3259881.118196.6
2.61-2.683.90.2999811.094197
2.68-2.763.90.2549921.035196.6
2.76-2.853.90.2359810.999196.7
2.85-2.9540.1929861.076196.3
2.95-3.0740.1669781.064195.8
3.07-3.2140.1429891.05195.8
3.21-3.3840.1229921.016196.3
3.38-3.593.90.1059811.074195.2
3.59-3.863.30.1147871.083176.3
3.86-4.253.80.0839661.027192.4
4.25-4.873.50.0799010.913186.1
4.87-6.133.90.079911.072192.9
6.13-503.90.06110280.923191

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.11 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.9 Å
Translation2.5 Å49.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3szk

3szk


解像度: 2.26→49.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.281 / WRfactor Rwork: 0.2474 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8265 / SU B: 16.721 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.4378 / SU Rfree: 0.2598 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 993 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2209 19351 93.22 %-
all-19351 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.25 Å2 / Biso mean: 34.361 Å2 / Biso min: 3.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 86 30 3408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.762.0284760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73835501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3945424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39424.507142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7315534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.87159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.63622129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1192854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23233422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85541348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.03361338
LS精密化 シェル解像度: 2.259→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 66 -
Rwork0.268 1249 -
all-1315 -
obs--86.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.335-0.425-0.62831.9129-0.02921.32810.0495-0.1659-0.00610.1151-0.082-0.0642-0.00770.05610.03250.0169-0.0194-0.01560.06130.01110.03137.8448-29.6503-8.4586
21.84280.4329-0.452.4567-0.11322.49850.0125-0.0520.0573-0.042-0.0661-0.0942-0.22450.14390.05360.0378-0.02820.0120.0390.01140.068217.1545-13.2169-22.7762
31.96110.61840.34022.9990.04122.1784-0.0810.0594-0.14130.01510.08230.02560.0656-0.0126-0.00130.03710.0190.00010.0186-0.00880.023516.7969-57.2752-16.1459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 143
4X-RAY DIFFRACTION2B201
5X-RAY DIFFRACTION3E1 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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