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- PDB-4ij2: Human methemoglobin in complex with the second and third NEAT dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ij2
タイトルHuman methemoglobin in complex with the second and third NEAT domains of IsdH from Staphylococcus aureus
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
  • Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードOXYGEN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / NEAT / Heme/Hemoglobin binding / Hemoglobin / Cell wall associated / OXYGEN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide ...Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Dickson, C.F. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Hemoglobin-IsdH Complex Reveals the Molecular Basis of Iron Capture by Staphylococcus aureus
著者: Dickson, C.F. / Krishna Kumar, K. / Jacques, D.A. / Malmirchegini, G.R. / Spirig, T. / Mackay, J.P. / Clubb, R.T. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Iron-regulated surface determinant protein H
F: Iron-regulated surface determinant protein H
G: Iron-regulated surface determinant protein H
H: Iron-regulated surface determinant protein H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,89612
ポリマ－217,4308
非ポリマー2,4664
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.903, 185.297, 103.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: red blood cells / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain / LVV-hemorphin-7


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: red blood cells / 参照: UniProt: P68871
#3: タンパク質
Iron-regulated surface determinant protein H / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 38837.305 Da / 分子数: 4 / Fragment: NEAT2, NEAT3, UNP residues 326-660 / Mutation: Y642A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: isdH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q2FG07
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Mosaicity: 0.931 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M diammonium citrate, 13%(w/v) PEG3350, 0.7% 1-butanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月6日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.24→50 Å / Num. all: 34745 / Num. obs: 34745 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.083 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
4.24-4.323.80.72717601.181100
4.32-4.43.80.66317081.2171100
4.4-4.493.80.62417261.1431100
4.49-4.583.80.57617591.131100
4.58-4.683.80.48317281.1181100
4.68-4.793.80.40317271.0951100
4.79-4.913.80.35617481.1611100
4.91-5.043.80.34117301.1141100
5.04-5.193.80.31317541.1151100
5.19-5.353.80.28817271.0541100
5.35-5.543.80.24617381.0361100
5.54-5.773.80.22617591.0641100
5.77-6.033.80.19817361.0631100
6.03-6.353.80.1717181.0591100
6.35-6.743.80.15617601.0411100
6.74-7.263.80.12817291.019199.9
7.26-7.993.80.10617471.0111100
7.99-9.143.70.08117300.9771100
9.14-11.493.70.06617511.0191100
11.49-503.80.05117101.033197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.24 Å49.71 Å
Translation4.24 Å49.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P5Q, 2E7D, 4FC3, 2LHR

3p5q

2e7d

4fc3

2lhr


解像度: 4.24→29.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.6728 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6675 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3102 945 5.11 %RANDOM
Rwork0.2995 ---
obs0.3001 18511 99.4 %-
all-18511 --
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 86.1417 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4334 Å20 Å20 Å2
2---5.82 Å20 Å2
3---14.2534 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.555 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.24→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13375 0 172 0 13547
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6339SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes351HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1959HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13884HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1774SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14311SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13884HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18875HARMONIC20.84
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.15
LS精密化 シェル解像度: 4.24→4.5 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 142 4.96 %
Rwork0.2911 2720 -
all0.2905 2862 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.10370.5093-1.96716.81011.20148.31550.15080.54420.5442-0.5442-0.24580.4863-0.5442-0.54420.095-0.3040.1063-0.04440.304-0.152-0.304-51.253614.0018-26.2819
28.31550.3766-2.910402.91040-0.0403-0.2881-0.18680.54420.3579-0.5442-0.0890.4162-0.31760.05320.13070.0083-0.304-0.152-0.304-53.213115.0603-1.7414
38.3155-0.3017-2.91048.3155-2.12228.3155-0.039-0.54420.00280.5442-0.3126-0.30570.54420.54420.3517-0.3040.1520.1013-0.2985-0.0485-0.0596-24.966625.3146-11.8589
45.4119-0.2229-2.16448.31552.63463.30430.22360.54420.0266-0.5442-0.04150.5442-0.5442-0.5442-0.1821-0.29170.1520.152-0.06810.1520.304-42.095142.1777-15.6076
54.6206-2.9104-2.91046.8041-2.90546.95820.03960.19-0.4467-0.2371-0.19070.5442-0.5442-0.54420.15110.3040.1520.152-0.3040.027-0.0997-80.683823.14228.3301
60.41330.60440.66044.02090.49222.09510.1310.5442-0.0757-0.5442-0.13730.5442-0.4478-0.07370.0063-0.16410.1520.1520.3040.15140.0733-4.916124.5945-34.675
78.31550.1637-1.79514.77642.91048.07440.0048-0.1633-0.54420.2344-0.28240.41790.54420.54420.2776-0.13350.152-0.06130.304-0.152-0.2384-41.5101-12.6609-35.9033
85.6571-2.9104-0.58266.508-0.43733.4831-0.2863-0.54420.15420.45710.1939-0.54420.54420.36380.09240.27160.1520.152-0.304-0.02790.2661-43.722862.65736.7388
98.06970.78582.91047.314-2.91041.4544-0.0515-0.54420.50670.5442-0.13540.15990.268-0.09360.1868-0.06290.02990.152-0.1430.1520.304-4.811715.418413.3612
108.3155-1.96572.7911.3437-0.84648.31550.10260.484-0.06920.28430.3391-0.54420.15070.4549-0.44170.304-0.1520.1520.304-0.152-0.304-42.33050.123925.6623
110-2.9104-2.09241.1012-2.91040-0.05250.20240.33130.19220.1830.1466-0.25660.3869-0.1305-0.1934-0.1520.04970.017-0.152-0.304-39.020416.9655-52.5251
122.0779-1.7822-2.91041.112-2.91040-0.02560.1233-0.277-0.12290.1401-0.4871-0.47680.0247-0.11450.1134-0.1520.152-0.2623-0.152-0.304-50.345528.101625.0306
1302.9104-2.91041.6734-0.14596.47220.21670.54420.01470.0442-0.0470.1968-0.1374-0.0782-0.1698-0.1555-0.152-0.0577-0.3040.09840.304-10.11130.5724-10.9274
1402.91042.910402.91040-0.02970.4169-0.1941-0.47630.08730.09120.3286-0.3163-0.0575-0.3040.1520.0533-0.304-0.1520.304-68.864254.5961-15.712
152.7827-2.9104-2.12678.3155-2.78518.31550.0641-0.16730.54420.01290.2899-0.1273-0.497-0.3952-0.3540.304-0.1520.1520.304-0.152-0.304-67.196923.9574-53.2233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|139 }A1 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|146 }B1 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|1 - C|139 }C1 - 139
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|1 - D|146 }D1 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|326 - E|464 }E326 - 464
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|326 - F|464 }F326 - 464
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|326 - G|464 }G326 - 464
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|326 - H|464 }H326 - 464
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|544 - F|655 }F544 - 655
10X-RAY DIFFRACTION10{ E|544 - E|655 }E544 - 655
11X-RAY DIFFRACTION11{ G|473 - G|530 }G473 - 530
12X-RAY DIFFRACTION12{ E|473 - E|530 }E473 - 530
13X-RAY DIFFRACTION13{ F|473 - F|530 }F473 - 530
14X-RAY DIFFRACTION14{ H|473 - H|530 }H473 - 530
15X-RAY DIFFRACTION15{ G|544 - G|655 }G544 - 655

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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