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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fbr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Myxococcus Xanthus hemagglutinin (MBHA) | ||||||
![]() | Myxobacterial hemagglutinin | ||||||
![]() | Carbohydrate binding protein / beta-barrel / HIV-inactivating | ||||||
機能・相同性 | Lipocalin - #450 / OAA-family lectin sugar binding domain / OAA-family lectin sugar binding domain / Lipocalin / carbohydrate binding / Beta Barrel / Mainly Beta / Myxobacterial hemagglutinin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koharudin, L.M.I. / Gronenborn, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Anti-HIV Activity of the Oscillatoria agardhii Agglutinin Homolog Lectin Family. 著者: Koharudin, L.M. / Kollipara, S. / Aiken, C. / Gronenborn, A.M. #1: ![]() タイトル: Structural basis of the anti-HIV activity of the cyanobacterial Oscillatoria Agardhii agglutinin. 著者: Koharudin, L.M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 416.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27936.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5) and 30% polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→32.95 Å / Num. all: 32197 / Num. obs: 31241 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.48 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2993 / % possible all: 88.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3S5V 解像度: 1.6→32.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.904 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.2 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.851 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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