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- PDB-4fbk: Crystal structure of a covalently fused Nbs1-Mre11 complex with o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fbk
タイトルCrystal structure of a covalently fused Nbs1-Mre11 complex with one manganese ion per active site
要素DNA repair and telomere maintenance protein nbs1,DNA repair protein rad32 CHIMERIC PROTEIN
キーワードHYDROLASE / PROTEIN BINDING / DNA double-strand break repair / Nuclease / Schizosaccharomyces pombe
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic DNA double-strand break formation ...Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / Sensing of DNA Double Strand Breaks / Processing of DNA double-strand break ends / mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Mre11 complex / chromosome, telomeric repeat region / meiotic DNA double-strand break formation / phosphorylation-dependent protein binding / DNA end binding / Y-form DNA binding / chromatin-protein adaptor activity / double-strand break repair involved in meiotic recombination / DNA double-strand break processing / nuclease activity / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / telomere maintenance via recombination / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / reciprocal meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA duplex unwinding / protein localization to chromosome, telomeric region / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / manganese ion binding / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mre11, capping domain / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases ...Mre11, capping domain / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Translation Initiation Factor IF3 / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / SMAD/FHA domain superfamily / Metallo-dependent phosphatase-like / BRCT domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA repair and telomere maintenance protein nbs1 / Double-strand break repair protein rad32
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.379 Å
データ登録者Schiller, C.B. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of Mre11-Nbs1 complex yields insights into ataxia-telangiectasia-like disease mutations and DNA damage signaling.
著者: Schiller, C.B. / Lammens, K. / Guerini, I. / Coordes, B. / Feldmann, H. / Schlauderer, F. / Mockel, C. / Schele, A. / Strasser, K. / Jackson, S.P. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1,DNA repair protein rad32 CHIMERIC PROTEIN
B: DNA repair and telomere maintenance protein nbs1,DNA repair protein rad32 CHIMERIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,1988
ポリマ－106,7042
非ポリマー4946
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area36660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.261, 78.872, 222.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA repair and telomere maintenance protein nbs1,DNA repair protein rad32 CHIMERIC PROTEIN


分子量: 53351.914 Da / 分子数: 2
断片: UNP O43070 residues 474-531, UNP Q09683 residues 15-413
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43070, UniProt: Q09683
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 MM Tri Na Citrate pH 5.0, 200 mM ammonium sulfate, 13% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.379→47.884 Å / Num. all: 43368 / Num. obs: 43368 / % possible obs: 99.47 % / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.379→47.884 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 2000 4.61 %
Rwork0.2223 --
obs0.2232 43364 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.616 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5387 Å20 Å2-0 Å2
2--6.9082 Å2-0 Å2
3----4.3696 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.379→47.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6702 0 22 210 6934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7779313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7432571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1231029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3791-2.43860.34411310.31542725X-RAY DIFFRACTION93
2.4386-2.50450.31421410.28592909X-RAY DIFFRACTION100
2.5045-2.57820.2811410.2772908X-RAY DIFFRACTION100
2.5782-2.66140.28831430.26372943X-RAY DIFFRACTION100
2.6614-2.75650.31551420.2552955X-RAY DIFFRACTION100
2.7565-2.86690.30491410.25362913X-RAY DIFFRACTION100
2.8669-2.99730.32081410.25212934X-RAY DIFFRACTION100
2.9973-3.15530.24981440.24362950X-RAY DIFFRACTION100
3.1553-3.3530.27351420.23082959X-RAY DIFFRACTION100
3.353-3.61180.22921440.22872953X-RAY DIFFRACTION100
3.6118-3.97510.23711440.2062998X-RAY DIFFRACTION100
3.9751-4.54990.20061440.17562989X-RAY DIFFRACTION100
4.5499-5.73090.17631480.18323032X-RAY DIFFRACTION100
5.7309-47.8940.22951540.2243196X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.8517 Å / Origin y: 2.2775 Å / Origin z: 30.6224 Å
111213212223313233
T0.1843 Å20.0256 Å2-0.0117 Å2-0.227 Å20.0838 Å2--0.2419 Å2
L0.3502 °20.1511 °20.3903 °2-0.4584 °2-0.0975 °2--0.7208 °2
S0.0703 Å °0.0057 Å °-0.0627 Å °-0.0318 Å °-0.0388 Å °-0.001 Å °0.0175 Å °0.1166 Å °0.0673 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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