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万見
- PDB-4fbh: Structure of RIP from barley seeds -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fbh
タイトルStructure of RIP from barley seeds
要素Protein synthesis inhibitor I
キーワードHYDROLASE / Ribosome Inactivating Protein / rRNA N-glycosylase activity / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / negative regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Protein synthesis inhibitor I
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lee, B.-G. / Kim, M.K. / Suh, S.W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of the ribosome-inactivating protein from barley seeds reveal a unique activation mechanism.
著者: Lee, B.G. / Kim, M.K. / Kim, B.W. / Suh, S.W. / Song, H.K.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3592
ポリマ－30,0121
非ポリマー3471
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.360, 62.590, 53.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protein synthesis inhibitor I / Ribosome-inactivating protein I / rRNA N-glycosidase


分子量: 30011.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 組織: seed / 参照: UniProt: P22244, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.41
詳細: 100 mM Tris-HCl, 27.5 %(w/v) PEG 1500, pH 8.41, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年1月1日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→32 Å / Num. obs: 11804 / % possible obs: 89.5 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.3-2.6180.4
2.6-3192.2
3-3.8195.3
3.8-5191.9
5-7.5194
7.5-10195.3
10-15195.3
15-32197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MADNESSデータ収集
profilefitting procedureデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FB9

4fb9


解像度: 2.3→25.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 1213 10.28 %
Rwork0.1782 --
obs0.185 11804 95.8 %
all-11804 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8855 Å2-0 Å2-1.8288 Å2
2--9.6023 Å2-0 Å2
3----9.6412 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 23 92 2133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1072844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.654752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062327
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39220.29431170.19261148X-RAY DIFFRACTION93
2.3922-2.50090.29531240.19871179X-RAY DIFFRACTION95
2.5009-2.63270.29751660.20171150X-RAY DIFFRACTION98
2.6327-2.79740.27991210.18851233X-RAY DIFFRACTION99
2.7974-3.01310.27311300.18551241X-RAY DIFFRACTION100
3.0131-3.31570.23021270.17971235X-RAY DIFFRACTION99
3.3157-3.79420.23841470.16291179X-RAY DIFFRACTION97
3.7942-4.77510.20171430.15111107X-RAY DIFFRACTION91
4.7751-25.48290.22631380.19141119X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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